Как решить вопрос опеки над детьми в отношениях с отсутствующим отцом?

Сначала надо лишить прав отца, а потом можно оформить усыновление

Вы можете усыновить в судебном порядке, даже без согласия отца, , если он не занимается воспитанием детей.

СК РФ, Статья 125. Порядок усыновления ребенка

1. Усыновление производится судом по заявлению лиц (лица), желающих усыновить ребенка. Рассмотрение дел об усыновлении ребенка производится судом в порядке особого производства по правилам, предусмотренным гражданским процессуальным законодательством.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2015 N 457-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Дела об усыновлении детей рассматриваются судом с обязательным участием самих усыновителей, органов опеки и попечительства, а также прокурора.

(в ред. Федеральных законов от 27.06.1998 N 94-ФЗ, от 30.12.2015 N 457-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2. Для усыновления ребенка необходимо заключение органа опеки и попечительства об обоснованности усыновления и о его соответствии интересам усыновляемого ребенка с указанием сведений о факте личного общения усыновителей (усыновителя) с усыновляемым ребенком.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2015 N 457-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Порядок передачи детей на усыновление, а также осуществления контроля за условиями жизни и воспитания детей в семьях усыновителей на территории Российской Федерации определяется Правительством Российской Федерации.

(п. 2 введен Федеральным законом от 27.06.1998 N 94-ФЗ)

3. Права и обязанности усыновителя и усыновленного ребенка (статья 137 настоящего Кодекса) возникают со дня вступления в законную силу решения суда об усыновлении ребенка.

(в ред. Федеральных законов от 27.06.1998 N 94-ФЗ, от 30.12.2015 N 457-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Суд обязан в течение трех дней со дня вступления в законную силу решения суда об усыновлении ребенка направить выписку из этого решения суда в орган записи актов гражданского состояния по месту вынесения решения.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2015 N 457-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Усыновление ребенка подлежит государственной регистрации в порядке, установленном для государственной регистрации актов гражданского состояния.

Или биологический отец дает согласие на усыновление или мать обращается в суд и суд лишает отца родительских прав. Но оснований к лишению родительских прав из Вашего сообщения не видно. Алименты платит, с детьми общается.