Проблемы с оформлением работы иностранца в России - сложности с уведомлением и возможные пути решения

РВП получено было 30.10.2015. Работал официально на ООО по трудовому договору, с трудовой книжкой и т.д. Из ООО уведомление о приеме на работу иностранца, видимо, не отправляли. В ноябре и декабре приходил и пытался уведомление о проживании сдать, но отправляли до февраля еще работать. В конце декабря стал ИП, официально уволился, запись в трудовой есть. В феврале пришел сдавать уведомление, сказали написать о работе: 1. С такого-то по какое-то работал в ООО, 2. С такого-то по настоящее время ИП. Справки 2-ндфл и выписка с р/с приложил. Все приняли, сказали через неделю прийти и узнать результат.

Результата ждал аж до апреля, когда оказалось, что все плохо: по данным ФМС работал на каких-то частных лиц, а не на ООО. Показал трудовую, трудовой договор. Предложили как выход заключить гражданско-правовой договор со мной, мне заплатить штраф 2000 за то, что не подала уведомление о заключении договора с иностранцем. Заключить договор с самим собой (ИП сам себя трудоустроил), потом снова подать уведомление, где указать: 1. С такого-то по какое-то работал на частное лицо, 2. С такого-то ИП.

В результате сегодня опять сказали, что все неправильно, что ИП лучше не светить, а то штраф 40000 (какой? За что?), Лучше заключить опять гражданско-правовой договор со мной, принести 3-ндфл (то есть, придется оплатить налог 13% от как будто полученной от меня суммы?), заплатить какую-то пошлину и штраф.

Подскажите, я уже ничего не понимаю. При чем здесь ИП? Почему каждый раз что-то новое? Неужели придется два раза налоги платить - как ИП и типа по договору? Как вообще действовать?