Организация взыскала сумму основного долга но без НДС. Может ли эта организация теперь взыскать НДС в отдельном иске?

Разумеется может, потому как ндс, это часть стоимости, , которую вы обязаны уже потом заплатить как налог государству, так что они вам ее должны.

Может взыскать и отдельным исковым заявлением эту сумму.

АПК РФ, Статья 125. Форма и содержание искового заявления

1. Исковое заявление подается в арбитражный суд в письменной форме. Исковое заявление подписывается истцом или его представителем. Исковое заявление также может быть подано в арбитражный суд посредством заполнения формы, размещенной на официальном сайте арбитражного суда в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет".

(в ред. Федеральных законов от 27.07.2010 N 228-ФЗ, от 11.07.2011 N 200-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Исковое заявление, подаваемое посредством заполнения формы, размещенной на официальном сайте арбитражного суда в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет", содержащее ходатайство об обеспечении иска, подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.

(абзац введен Федеральным законом от 23.06.2016 N 220-ФЗ)

2. В исковом заявлении должны быть указаны:

1) наименование арбитражного суда, в который подается исковое заявление;

2) наименование истца, его место нахождения; если истцом является гражданин, его место жительства, дата и место его рождения, место его работы или дата и место его государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя, номера телефонов, факсов, адреса электронной почты истца;

(в ред. Федерального закона от 27.07.2010 N 228-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3) наименование ответчика, его место нахождения или место жительства;

4) требования истца к ответчику со ссылкой на законы и иные нормативные правовые акты, а при предъявлении иска к нескольким ответчикам - требования к каждому из них;

5) обстоятельства, на которых основаны исковые требования, и подтверждающие эти обстоятельства доказательства;

6) цена иска, если иск подлежит оценке;

7) расчет взыскиваемой или оспариваемой денежной суммы;

8) сведения о соблюдении истцом претензионного или иного досудебного порядка;

(в ред. Федерального закона от 02.03.2016 N 47-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

9) сведения о мерах, принятых арбитражным судом по обеспечению имущественных интересов до предъявления иска;

10) перечень прилагаемых документов.

В заявлении должны быть указаны и иные сведения, если они необходимы для правильного и своевременного рассмотрения дела, могут содержаться ходатайства, в том числе ходатайства об истребовании доказательств от ответчика или других лиц.

(в ред. Федерального закона от 27.07.2010 N 228-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Истец обязан направить другим лицам, участвующим в деле, копии искового заявления и прилагаемых к нему документов, которые у них отсутствуют, заказным письмом с уведомлением о вручении.