Может ли ответчик в отзыве на исковое заявление выразить возражение на размер неустойки или дается согласие своим молчанием?

Не то, что может, а даже нужно.

Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 19.12.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2017)

Статья 149. Действия сторон при подготовке дела к судебному разбирательству

2. Ответчик или его представитель:

1) уточняет исковые требования истца и фактические основания этих требований;

2) представляет истцу или его представителю и суду возражения в письменной форме относительно исковых требований;

3) передает истцу или его представителю и судье доказательства, обосновывающие возражения относительно иска;

4) заявляет перед судьей ходатайства об истребовании доказательств, которые он не может получить самостоятельно без помощи суда.

Всего хорошего.

По умолчанию ничего не происходит. В суде ответчик либо согласиться с требованиями в части неустойки. Либо не согласиться. Если не согласиться, то суд обяжет предоставить расчет и обоснование расчета.

Добрый день! Отсутствие ответа на досудебную претензию не является доказательством признания требования. В дальнейшем Вы можете направить свое возражение на исковое заявление уже в суд.

Отсутствие возражения на предъявлены истцом сумма неустойки не означает согласие с суммой.

Вы можете предъявить ваши возражения относительно суммы непосредственно в судебном заседании, эти возражения будут занесены в протокол судебного заседания.