Что произойдет с военной ипотекой при сокращении военного с опытом работы более 10 лет и наличием квартиры по обычной ипотеке?

Сокращение - это уважительная причина. Не придется платить.

Федеральный закон от 20.08.2004 N 117-ФЗ (ред. от 29.07.2017) "О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих"

Статья 15. Особенности погашения целевого жилищного займа

1. Погашение целевого жилищного займа осуществляется уполномоченным федеральным органом при возникновении у получившего целевой жилищный заем участника накопительно-ипотечной системы оснований, указанных в статье 10 настоящего Федерального закона, а также в случаях, указанных в статье 12 настоящего Федерального закона.

2. При досрочном увольнении участников накопительно-ипотечной системы с военной службы, если у них не возникли основания, предусмотренные пунктами 1, 2 и 4 статьи 10 настоящего Федерального закона, участники накопительно-ипотечной системы обязаны возвратить выплаченные уполномоченным федеральным органом суммы по договору целевого жилищного займа ежемесячными платежами в срок, не превышающий десяти лет. При этом в случае увольнения участников накопительно-ипотечной системы с военной службы по основаниям, предусмотренным подпунктами "д" - "з", "л" и "м" пункта 1, подпунктами "в" - "е.2" и "з" - "л" пункта 2 статьи 51 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе", начиная со дня увольнения по целевому жилищному займу начисляются проценты по ставке, установленной договором целевого жилищного займа. Суммы начисленных процентов участники накопительно-ипотечной системы обязаны уплатить в уполномоченный федеральный орган в виде ежемесячных платежей в срок, не превышающий десяти лет. Процентный доход по целевому жилищному займу является доходом от инвестирования. Проценты начисляются на сумму остатка задолженности по целевому жилищному займу.

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:

а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;

б) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;

в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;

г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;

3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;

4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.