Как выделить долю сына в общей квартире, чтобы закрыть комнату?

Сейчас у вас доли не в квартире, как помещении, а доли в праве собственности на эту квартиру, то есть вы можете пользоваться квартирой совместно и имеете право занять любую комнату, по своему усмотрению. Для того, чтобы избежать такого хаоса, существует институт выделения доли в натуре, то есть собираются все собственники долей и заключают соглашение, в котором определяют, кому какая комната в квартире принадлежит, т. е. доля приобретает физическое выражение в виде отдельной комнаты, что на юридическом языке называется "выделить долю в натуре". Если соглашение между собственниками не представляется возможным заключить, то обращаетесь в суд, который рассматривает возможность выделения доли в натуре. Выделенная дол приобретает статус отдельного объекта недвижимости, которым можно распоряжаться (дарить, продавать, завещать) без согласия остальных жильцов - сособственников в квартире.

Немного неправильно вам ответил коллега вверху.

Долю в натуре в квартире в многоквартирном доме выделить невозможно, это возможно только в частных домах, так как нужен отельный вход, отдельный санузел, ванная, кухня

В данном случае эта процедура называется определение порядка пользования жилым помещением,т.е. кто какой комнатой будет пользоваться. (не владеть, а именно-пользоваться)

Это можно сделать либо по соглашению собственников, либо по решению суда при отсутствии такого соглашения.