Может ли командир лишить второй раз премии военнослужащего за не сдачу физической подготовки?

Увы да, если снова не сдаст, опять лишат.

Здравствуйте, разъясняю, что согласно п.п. 78, 79 и 80 Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации, утвержденного приказом Министра обороны Российской Федерации от 30 декабря 2011 г. № 2700, оспариваемая премия выплачивается ежемесячно, на основании приказа соответствующего командира. Конкретный размер премии зависит от качества и эффективности исполнения военнослужащими должностных обязанностей в месяце, за который производится выплата премии, с учетом имеющих дисциплинарных взысканий за совершенные дисциплинарные проступки, результатов по профессионально-должностной (командирской) и физической подготовке, а также нарушений в финансово-экономической и хозяйственной деятельности, повлекших ущерб для Вооруженных Сил и отраженных в актах ревизий (проверок отдельных вопросов) финансово-экономической и хозяйственной деятельности.

Исходя из анализа приведённых правовых норм, можно сделать вывод, что оценка добросовестности и эффективности исполнения военнослужащим своих должностных обязанностей является исключительной прерогативой соответствующего командира (начальника), а, следовательно, и установление военнослужащему конкретного размера премии за добросовестное и эффективное исполнение должностных обязанностей отнесено к дискреционным полномочиям этого командира (начальника).