Отказали в регистрации дома в МФЦ, сказали отсутствует разрешение на строительство,

ну а в данный момент на этом участке построен дом, как я понимаю? Кроме того, если это так, и вы построили дом без разрешения администрации, нужно подавать в суд исковое заявление об узаконивании объекта самовольного строительства. Причём нужно очень внимательно отнестись к составлению иска иначе повторно обратиться в суд по данному поводу будет нельзя.