КУГИ предъявляет долг по аренде за 5 лет, (ООО), действует ли срок давности 3 года и обязан ли суд принять это во внимание?

Да конечно, в части взыскания за 2 года за сроком исковой давности суд окажет.

Естественно, действует, ибо статью 196 ГК РФ никто не отменял. Но в силу статьи 199 ГК РФ, срок исковой давности применяется только по заявлению стороны в споре. По собственной инициативе суд применять последствия пропуска истцом срока давности не вправе.

Срок исковой давности действует. Но самостоятельно суд не примет во внимание пропуск срока исковой давности. Суд применяет исковую давность только по заявлению. Необходимо в суде заявлять ходатайство о применении исковой давности.