Как сохранить работу на УСН при наличии нескольких магазинов - можно ли открыть второе ООО?

Сергей, нет, это не будет считаться - главное оплачивать сами налоги.

А само право на использование название магазина Вы можете, заключив юридически грамотный договор коммерческого франчайзинга, причем сделать это можете самостоятельно также себе, как генеральному директору второго ООО.

Ответственность исключена, так как Вы пытаетесь не уйти от налогов, а оптимизировать их оплату!

Закон Вам это позволяет:

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 26.01.1996 N 14-ФЗ (ред. от 27.12.2019, с изм. от 28.04.2020)

1. По договору коммерческой концессии одна сторона (правообладатель) обязуется предоставить другой стороне (пользователю) за вознаграждение на срок или без указания срока право использовать в предпринимательской деятельности пользователя комплекс принадлежащих правообладателю исключительных прав, включающий право на товарный знак, знак обслуживания, а также права на другие предусмотренные договором объекты исключительных прав, в частности на коммерческое обозначение[u][/u], секрет производства (ноу-хау).

Нет ни какого запрета на учреждение вами еще одного ООО Магазины можете сохранить под прежним названием

Ничего незаконного в дроблении бизнеса нет. Каждый может открыть хоть десять компаний

Налоговой не нравится, когда компании делятся, чтобы получать необоснованную налоговую выгоду. Вы же от открытия нового ООО ни какой необоснованной налоговой выгоды не получите

Федеральный закон "О внесении изменений в часть первую Налогового кодекса Российской Федерации" от 18.07.2017 N 163-ФЗ (последняя редакция) внес поправки в Налоговый кодекс РФ по необоснованной выгоде. Четкого определения понятия необоснованной выгоды в нем нет, зато есть признаки обоснованной:

целью сделки не было только уменьшить налоги;

сделку от партнера — клиента или поставщика — провел человек, у которого есть на это право.