Будут ли выплаты сохраняться при переходе в академию по родам и уходу за ребенком?

Согласно п. 8 ст. 6 Федерального закона N 159-ФЗ сироты имеют право на академический отпуск по медицинским показаниям, отпуск по беременности и родам, отпуск по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет. При этом за ними на весь период данных отпусков сохраняются полное государственное обеспечение и выплата государственной социальной стипендии.

Посмотрите, например, здесь: epp.genproc.gov.ru

Детям-сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей, лицам из числа детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, лицам, потерявшим в период обучения обоих родителей или единственного родителя, обучающимся по очной форме обучения по основным профессиональным образовательным программам за счет средств соответствующих бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, наряду с полным государственным обеспечением выплачиваются государственная социальная стипендия в соответствии с Федеральным законом N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", ежегодное пособие на приобретение учебной литературы и письменных принадлежностей.

Нахождение обучающегося в академическом отпуске, а также отпуске по беременности и родам, отпуске по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет не является основанием для прекращения выплаты (назначения) государственной социальной стипендии.

Пункт 4 ст. 6 Федерального закона от 21.12.1996 N 159-ФЗ

Пункт 23 Порядка, утв. Приказом Минобрнауки России от 27.12.2016 N 1663