Я из РФ, ответчик из Казахстана. Как подать иск

Все зависит от того, на какой предмет иск. Возможно Вам вообще не законно отказали.

Исполнение договора может быть оспорено в суде по месту нахождения предмета договора, или по месту исполнения договора. Об этом следовало сразу внести соответствующую судебную оговорку в текст договора. При отсутствии таковой оговорки иск подлежит рассмотрению по месту жительства ответчика. Иски о правах на земельные участки, участки недр, здания, в том числе жилые и нежилые помещения, строения, сооружения, другие объекты, прочно связанные с землей, а также об освобождении имущества от ареста предъявляются в суд по месту нахождения этих объектов или арестованного имущества. Иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации. Так что надо найти любое имущество этого ответчика на территории РФ и направлять иск в суд по месту нахождения такого имущества.

Павел, надо знать суть иска и многие другие вопросы.

Если у гражданина Казахстана есть временная регистрация в Барнауле, то судья неправа. Советую ознакомиться с материалами дела - был ли судом отправлен запрос в отдел миграции МВД.