Могу ли я квартиру купленную под материнский капитал переоформить в нежилое помещение?

Да, такое возможно. Потребуется согласие органа опеки,

Федеральный закон "Об опеке и попечительстве" от 24.04.2008 N 48-ФЗ

т.к. в жилье до перевода будет доля детей (и им/детям нужна будет замена в объекте имущества).

Нормы права:

Статья 22. Условия перевода жилого помещения в нежилое помещение и нежилого помещения в жилое помещение

1. Перевод жилого помещения в нежилое помещение и нежилого помещения в жилое помещение допускается с учетом соблюдения требований настоящего Кодекса и законодательства о градостроительной деятельности.

2. Перевод жилого помещения в нежилое помещение не допускается, если доступ к переводимому помещению невозможен без использования помещений, обеспечивающих доступ к жилым помещениям, или отсутствует техническая возможность оборудовать такой доступ к данному помещению, если переводимое помещение является частью жилого помещения либо используется собственником данного помещения или иным гражданином в качестве места постоянного проживания, а также если право собственности на переводимое помещение обременено правами каких-либо лиц. В помещение после его перевода из жилого помещения в нежилое помещение должна быть исключена возможность доступа с использованием помещений, обеспечивающих доступ к жилым помещениям.

3. Перевод квартиры в многоквартирном доме в нежилое помещение допускается только в случаях, если такая квартира расположена на первом этаже указанного дома или выше первого этажа, но помещения, расположенные непосредственно под квартирой, переводимой в нежилое помещение, не являются жилыми.

4. Перевод нежилого помещения в жилое помещение не допускается, если такое помещение не отвечает установленным требованиям или отсутствует возможность обеспечить соответствие такого помещения установленным требованиям либо если право собственности на такое помещение обременено правами каких-либо лиц.

Орган опеки однозначно не даст вам разрешения ст 37 ГК РФ на такой перевод