Т.е. за эту витрину может пройти только продавец, чтобы забрать товар со склада.

Раиса, информация, могущая быть полезной, указана Вами не полностью. В частности, неясно - на каких основаниях у Вас находятся площади под магазин? Скорее всего, как и у подавляющего большинства ИПБОЮЛ - на основании договора аренды. Если это так, то попробуйте сделать задним числом (дата примерно через неделю после заключения самого договора аренды) дополнительное соглашение с арендодателем к прежнему договору аренды о том, что арендатор (Вы) используете переданное помещение торгового зала следующим образом: столько-то кв. м - для торговой деятельности, а столько-то (что перегорожено) - для приема, хранения и подготовки товаров к продаже. При этом обязательно должно быть указано, что соглашение действует с момента заключения договора аренды.

К чему это я, Вы спросите? Арбитражного суда Вам, очевидно, не избежать. В своих возражениях на иск налоговой укажите: в ст. 346.27 НК РФ сказано, что площадь торгового зала - это площадь всех помещений и открытых площадок, используемых налогоплательщиком для торговли или организации общественного питания, определяемая на основе инвентаризационных и правоустанавливающих документов, за исключением подсобных, административно-бытовых помещений, а также помещений для приема, хранения товаров и подготовки их к продаже, в которых не производится обслуживание посетителей. Именно таким правоустанавливающим документом и является дополнительное соглашение к договору аренды.

Если все сделаете так, как я указал, то налоговой не удастся доказать, что Вы вели розничную торговлю на всей площади торгового зала. Претензии налоговой будут признаны необоснованными, а занижение физического показателя базовой доходности на огороженную площадь - недоказанным.

Нужна судебная практика по вопросам, аналогичным Вашему - см. Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 23.08.2004 по делу № Ф04-5714/2004 (А67-3800-35).