Как защититься от незаконного насчета пени со стороны заказчика по договору подряда и обеспечить оплату за выполненные работы?

Вам нужно направить письменное уведомление заказчику о готовности сдачи объекта, направить акты приемки - не подпишет - работы приняты (сроки должны быть в вашем договоре)

Не оплатит - срочно в суд и не тяните время. Соглашение не подписывайте, т.к. понмимо пени они могут заявить что нарушение сроков повлекло для заказчика убытки (могут их взыскать в суде)

Ст. 753 ГК РФ 1. Заказчик, получивший сообщение подрядчика о готовности к сдаче результата выполненных по договору строительного подряда работ либо, если это предусмотрено договором, выполненного этапа работ, обязан немедленно приступить к его приемке.

Сдача результата работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляются актом, подписанным обеими сторонами. При отказе одной из сторон от подписания акта в нем делается отметка об этом и акт подписывается другой стороной.

Односторонний акт сдачи или приемки результата работ может быть признан судом недействительным лишь в случае, если мотивы отказа от подписания акта признаны им обоснованными.

Направляйте письменно уведомление заказчику. Если последний откажется подписывать КС-2, КС-3, подписывайте сами и в суд взыскивать денежные средства. Ваша проблема в том, что вы потеряли время теперь сложно будет доказать, если письменные доказательства, что вы уведомили заказчика в срок о выполненных работах.