Ведь применяется принцип свободы договора: за сколько кому хочу - за столько тому и продаю?

Действительно, только, если Вы реально покажите документы о получении дохода в размере меньшем, чем рыночная стоимость. Надеюсь ,Вы понимаете, что в ином случае Вы все равно имеете право воспользоваться имущественным налоговым вычетом (ст. 220 НК РФ), но только на сумму 125000, а только с остальной части обязаны уплатить налог.

Полученную сумму Вы можете подтвердить договором и копией расписки в получении денег, либо выпиской с банковского счета.

Согласно ч. 1 ст. 40 НК РФ если иное не предусмотрено настоящей статьей, для целей налогообложения принимается цена товаров, работ или услуг, указанная сторонами сделки. Пока не доказано обратное, предполагается, что эта цена соответствует уровню рыночных цен.

Однако, в соответствии с ч. 2 этой же статьи НК РФ 2. Налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен по сделкам лишь в следующих случаях: ... 4) при отклонении более чем на 20 процентов в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным (однородным) товарам (работам, услугам) в пределах непродолжительного периода времени.

И далее в ч. 3 - В случаях, предусмотренных пунктом 2 настоящей статьи, когда цены товаров, работ или услуг, примененные сторонами сделки, отклоняются в сторону повышения или в сторону понижения более чем на 20 процентов от рыночной цены идентичных (однородных) товаров (работ или услуг), налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога и пени, рассчитанных таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги.

Таким образом, в целях уплаты налогов Ваша свобода определять цену и результат сделки (получение дохода) несколько ограничены.

ГИБДД этот вопрос волновать не должен, это не их прерогатива. Справка-счет является документом на основании которого производится регистрация транспортных средств в ГАИ (п.1.9 Правил регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним в Государственной инспекции безопасности дорожного движения, утвержденных приказом МВД России от 26.11.96 г. N 624 "О порядке регистрации транспортных средств"). Обязанность представления указанного документа в налоговую инспекцию действующим законодательством не предусмотрена.

Договор купли-продажи автомобиля не подлежит обязательному нотариальному удостоверению, это делается по желанию сторон.

С уважением, Алексей Соболев