В каких случаях протест выносит председатель ВАС, в каких ген.

АПК РФ не установлены перечни вопросов/дел, по которым приносит протесты председатель Вас РФ или по каким Генеральный Прокурор РФ. Таким образом, возможно самостоятельное определение лица, имеющего право приносит протест в порядке надзора, к которому Вы обратитесь с заявлением о принесении данного протеста в порядке надзора. В соответствии со ст.182 АПК РФ только Председатель Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации и его заместитель могут приостановить исполнение соответствующих решения, постановления. Таким образом, Вы правы и думаю, что целесообразнее обращаться именно к данным лицам.