Должны ли пересчитать работнику отпускные с учетом повышения надбавки?

Судя по тексту следующего документа, в этой части он не противоречит ТК РФ, да.

Порядок

исчисления среднего заработка в 2000 - 2001 годах

Распоряжением Правительства РФ от 21 ноября 2001 г. N 1552-р срок действия настоящего Порядка продлен на 2002 год

Настоящий Порядок действует в части, не противоречащей Трудовому кодексу РФ

"7. При повышении в организации размеров оплаты труда выплаты, учитываемые в расчетном периоде при исчислении среднего заработка, увеличиваются на коэффициент повышения тарифных ставок, должностных окладов, денежного вознаграждения.

При повышении надбавки за квалификационный разряд (классный чин, дипломатический ранг) в соответствии с нормативными правовыми актами Российской Федерации, субъектов Российской Федерации надбавка за квалификационный разряд (классный чин, дипломатический ранг) увеличивается в расчетном периоде на коэффициент ее повышения.

В случаях, когда повышение тарифных ставок, должностных окладов, денежного вознаграждения произошло:

в пределах расчетного периода - повышению подлежат тарифные ставки, должностные оклады, денежное вознаграждение, а также другие выплаты, учитываемые при исчислении среднего заработка, за предшествующий изменению отрезок времени;

после расчетного периода до дня наступления события - повышению подлежит средний заработок, исчисленный исходя из расчетного периода;

в период действия события - повышению подлежит лишь та часть среднего заработка, которая приходится на период с момента повышения тарифных ставок, должностных окладов, денежного вознаграждения до окончания события".