Кто расторгает трудовой договор с руководителем учреждения (ликвидационная комиссия или учредитель) при ликвидации учреждения.

Ликвидационная комиссиия, так как учредители передаю свои полномочия ликвидационной комиссии в том числе и полномочия генеральной директора, а она можете передать полномочия генеральнойму директору.