Интересный вопрос: чем же является министерство - организацией или учреждением согласно ГК РФ?

Организация - обобщающее понятие, используемое для обозначения принадлежности лица к юридическим, а не физическим лицам. Можно говорить (в определенных случаях) что и учреждение является организацией. Цитата из НК РФ: "4. Не допускается устанавливать налоги и сборы, нарушающие единое экономическое пространство Российской Федерации и, в частности, прямо или косвенно ограничивающие свободное перемещение в пределах территории Российской Федерации товаров (работ, услуг) или финансовых средств, либо иначе ограничивать или создавать препятствия не запрещенной законом экономической деятельности физических лиц и организаций".

Министерство является органом власти, обладающим правами юридического лица. Этот статус достаточно своеобразен. То есть, исходя из признаков органа власти, в рамках своей внутренней деятельности он обладает правами учреждения, налицо все признаки. Во внешних отношениях участвует как орган власти, и для таких отношений не имеет значения, какую организационно-правовую форму министерство имеет. Чтобы было понятнее - внутренняя деятельность - для обеспечения своей работы заключаются сделки по приобретению, например, мебели. Тогда стороной в договоре участвует орган власти с правами учреждения. Внешняя деятельность - по поручению или во исполнение существующих правомочий заключается, например, договор о приобретении мебели для школ. Тогда министерство выступает просто представителем государства. А уж кто имеет право подписывать такие договоры - это согласно распределению обязанностей и полномочий внутри министерства, для этого следует знать положение об этом министерстве, его внутренние документы.