Наверное, я сразу должна была указать в вопросе "счет-фактура" вместо "счет".

Не относится.

Если Вы получаете суммы по последней счет-фактуре, и соответственно, регистрируете в книге продаж только последнюю счет-фактуру, то нарушений не будет.

В противном случае - нарушаете п. 20 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость

(утв. постановлением Правительства РФ от 2 декабря 2000 г. N 914)

"20. В случае частичной оплаты за отгруженные товары (выполненные работы, оказанные услуги) при принятии учетной политики для целей налогообложения по мере поступления денежных средств регистрация продавцом счета-фактуры в книге продаж производится на каждую сумму, поступившую в порядке частичной оплаты, с указанием реквизитов счета-фактуры по этим отгруженным товарам (выполненным работам, оказанным услугам) и пометкой по каждой сумме "частичная оплата".

Регистрация счетов-фактур с одинаковыми реквизитами в книге продаж у продавца допускается только в случаях поступления средств в порядке частичной оплаты, а также отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) под полученную сумму авансовых или иных платежей с соответствующей корректировкой (зачетом) ранее начисленных сумм налога по платежу".

Одинаковые счет-фактуры могут быть только при условии частичной оплаты (предварительного, до отгрузки поступления денег в оплату). Налоговые органы при желании могут придраться и применить ст 120 НК РФ