Как заключить договор теплоснабжения для здания под управлением двух государственных органов при наличии только одного теплового ввода?

Заключите на все помещение договор от имени одного из госорганов, а с другим заключите соглашение о возмещении соответствующей части расходов.

Вот этими Правилами руководствуйтесь.

Постановление Правительства Российской Федерации от 8 августа 2012 г. N 808 г. Москва

"Об организации теплоснабжения в Российской Федерации и о внесении изменений в некоторые акты Правительства Российской Федерации"

44. В случае если в жилом доме имеется встроенное или пристроенное нежилое помещение и тепловой ввод находится в жилой части дома, то заявка о заключении договора теплоснабжения подается лицом, осуществляющим деятельность по управлению многоквартирным домом в соответствии с жилищным законодательством, при этом объем потребления и порядок учета поставляемых собственникам жилых и нежилых помещений тепловой энергии (мощности) и (или) теплоносителя фиксируются в договоре теплоснабжения раздельно по жилой части дома и встроенному или пристроенному нежилому помещению.

В случае если в жилом доме имеется встроенное или пристроенное нежилое помещение и тепловой ввод находится в нежилой части дома, то заявки о заключении договора теплоснабжения подаются владельцем нежилого помещения и лицом, осуществляющим деятельность по управлению многоквартирным домом в соответствии с жилищным законодательством, при этом объем потребления и порядок учета поставляемых собственникам жилых и нежилых помещений тепловой энергии (мощности) и (или) теплоносителя фиксируются в договоре теплоснабжения раздельно по жилой части дома и встроенному или пристроенному нежилому помещению.

В случае если в нежилом здании имеется 1 тепловой ввод, то заявка на заключение договора теплоснабжения подается владельцем нежилого помещения, в котором имеется тепловой ввод, при наличии в нежилом здании нескольких тепловых вводов, заявки на заключение договора теплоснабжения подаются каждым владельцем помещения, в котором имеется тепловой ввод. Отношения по обеспечению тепловой энергией (мощностью) и (или) теплоносителем и оплате соответствующих услуг с владельцами иных помещений, не имеющих теплового ввода, определяются по соглашению между владельцами таких помещений и владельцами помещений, заключивших договор теплоснабжения.