Я являюсь собственником комнаты в общежитии, можно ли купить квартиру в новостройке в обмен на комнату в общежитии с доплатой?

Да, возможно. Как договоритесь к продавцом жилья в новостройке - ст. 421 ГК

Но составлять нужно два договора - продажи комнаты, покупки квартиры, оплата квартиры за счет стоимости комнаты плюс доплата

Лучше обратиться к юристу очно.

Да, можно вопрос лишь в стоимости. Того объекта что вы продаете и что покупаете. Вам можно обратиться непосредственно в фирму застройщика и там решить вопрос и о продаже и зачете стоимости в счет новостройки.