Как определить налог с продажи при наличии двух свидетельств о собственности с разными сроками владения?

Верно,только за 3/4. Но согласно ст.220 НК РФ Вы имеете право на налоговый вычет до 1000000 рублей

Насколько верно следующее утверждение?

Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.

В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и размера их долей, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.

В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Учитывая изложенное, поскольку квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы от продажи этой квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.