Происхождение коронавируса

Предполагается, что самый последний общий предок (MRCA) всех коронавирусов существовал совсем недавно, до 8000 г. до н.э. , хотя в некоторых моделях общий предок насчитывает 55 миллионов лет или более, что подразумевает долгосрочную коэволюцию с летучими мышами и птичьими видами. Самый последний общий предок линии альфа-коронавируса был расположен примерно в 2400 г. до н.э., линии бета-коронавируса в 3300 г. до н.э., линии гамма-коронавируса в 2800 г. до н.э. и линии дельтакоронавируса примерно в 3000 г. до н.э. Летучие мыши и птицы, как теплокровные летающие позвоночные, являются идеальным естественным резервуаром для генофонда коронавируса (с летучими мышами - резервуаром). для альфа-коронавирусов и бета-коронавирусов, а для птиц - резервуар для гамма-коронавирусов и дельтакоронавирусов). Большое количество и глобальный спектр видов летучих мышей и птиц, на которых распространяются вирусы, способствовали обширной эволюции и распространению коронавирусов.

Многие коронавирусы человека происходят от летучих мышей. Коронавирус человека NL63 имел общего предка с коронавирусом летучей мыши (ARCoV.2) между 1190 и 1449 годами н.э. Человеческий коронавирус 229E имел общего предка с коронавирусом летучей мыши (GhanaGrp1 Bt CoV) между 1686 и 1800 годами н.э. Совсем недавно коронавирус альпаки и человеческий коронавирус 229E разошлись где-то до 1960 года. MERS-CoV появился у людей от летучих мышей через промежуточного хозяина верблюдов. MERS-CoV, хотя и относится к нескольким видам коронавирусов летучих мышей, похоже, отличается от них несколько веков назад. Наиболее близкородственный коронавирус летучей мыши и SARS-CoV разошлись в 1986 году. Возможный путь эволюции коронавируса SARS и острых коронавирусов летучих мышей заключается в том, что связанные с SARS коронавирусы долгое время эволюционировали у летучих мышей. Предки SARS-CoV впервые заразили листочков летучих мышей рода Hipposideridae ; впоследствии они распространились на подковообразных летучих мышей вида Rhinolophidae , затем на циветт и, наконец, на людей.

В отличие от других бета-коронавирусов, коровирус крупного рогатого скота вида Betacoronavirus 1 и подрод Embecovirus, как полагают, возник у грызунов, а не у летучих мышей. В 1790-х годах короновирус лошадей отклонился от коронавируса крупного рогатого скота после межвидового скачка. Позднее, в 1890-х годах, коронавирус человека OC43 отделился от коронавируса крупного рогатого скота после очередного межпородного распространения. Предполагается, что пандемия гриппа 1890 года могла быть вызвана этим побочным эффектом, а не вирусом гриппа., из-за связанных сроков, неврологических симптомов и неизвестного возбудителя пандемии. Кроме того, что он вызывает респираторные инфекции, человеческий коронавирус OC43 также играет роль в неврологических заболеваниях. В 1950-х человеческий коронавирус OC43 начал расходиться в свои нынешние генотипы. Phylogentically, вирус гепатита мыши (мышиный коронавирус), который заражает печень мыши и центральную нервную систему, связано с человеческим коронавируса OC43 и бычьего коронавируса. Человеческий коронавирус HKU1, как и вышеупомянутые вирусы, также происходит от грызунов.