Соединенные Штаты усиливают отслеживание штаммов коронавируса
Здравствуйте дорогие гости сайта и мои подписчики!
Предоставляю еще одну очень интересную публикацию.
На прошлой неделе в Северном Майами, штат Флорида, недалеко от того места, где в июле был обнаружен вариант коронавируса Му, была проверена девочка на COVID-19.
Семь месяцев назад координатор Белого дома по борьбе с COVID-19 Джеффри Зиентс заявил, что масштабы усилий США по секвенированию пандемии коронавируса «совершенно неприемлемы». На тот момент стране удалось прочитать генетические схемы всего 0,36% всех образцов коронавируса, собранных из носа и глотки США, - слишком мало для раннего обнаружения редких, потенциально опасных мутаций и подготовки к борьбе с ними.
Но сегодня, несмотря на то, что количество новых случаев коронавируса в США превышает 160 000 в день - такого количества не наблюдалось с конца января, - эксперты в области общественного здравоохранения гораздо лучше понимают меняющуюся генетику своего врага. К июлю благодаря финансированию в размере 1,7 миллиарда долларов от Американского плана спасения расширенные операции по секвенированию выявляли 8,6% новых случаев коронавируса.
Еженедельные поступления в ведущий международный репозиторий последовательностей, GISAID, «сейчас намного превышают 40 000», - говорит Дункан МакКаннелл, возглавляющий программу Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC), которая координирует геномный надзор в США. Для сравнения, первые 40 000 последовательностей страны были депонированы за 11 месяцев - до ноября 2020 года. «У нас потрясающие результаты» по количеству секвенированных образцов, - говорит Тревор Бедфорд, вычислительный биолог из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона. «Меня не беспокоит, что новый вариант ускользнет незамеченным».
В настоящий момент секвенсоры по всей стране наблюдают за наводнением Дельты. По данным CDC, к концу августа на высокозаразный вариант приходилось 99,1% случаев в Соединенных Штатах, по сравнению с 7,5% в конце мая. «Мы увидели, как Delta появилась в мгновение ока», - говорит биолог Лорен Ансель Мейерс из Техасского университета в Остине. «Но это может измениться».
Например, в июле наблюдатели за коронавирусом отметили, что на другой вариант, Му, приходилось 9% из 101 секвенированного случая в Мемориальной системе здравоохранения Джексона во Флориде и в Башне здравоохранения Университета Майами. Впервые Му был замечен в Колумбии, где в начале июля на него приходилось 69% случаев; На прошлой неделе Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила это вариантом интереса (VOI). Mu несет мутацию E484K, которая, вероятно, помогает подавить вакцину SARS-CoV-2 и иммунитет, вызванный инфекцией.
Но кажется, что Дельта легко переигрывает Му. В больницах Майами «к началу августа мы были примерно на 97% дельты» и остаемся там, - говорит патолог Дэвид Эндрюс из Университета Майами. В Колумбии, по состоянию на конец августа, Mu упал до 63%, тогда как Delta вырос с 6% до 19%. В образцах Эндрюса Delta «вытеснила практически все другие линии», - говорит он.
«Вирус может нас удивить, но я готов поспорить, что Delta полностью уничтожит и [станет] общим предком всех вирусов в ближайшие несколько месяцев», - говорит Бедфорд. Скорее всего, «откуда выйдет следующий вариант».
Некоторые штаты все еще могут медлить с обнаружением нового варианта. Девятнадцать, все кроме одного на Среднем Западе, Юге и Юго-Востоке, секвенировали менее 2% своих кумулятивных случаев. Оклахома, где больницы переполнены случаями COVID-19, занимает последнее место среди них: в общедоступные хранилища было загружено 1617 последовательностей, или 0,3% случаев.
Тем не менее, в большинстве штатов процент секвенированных образцов на порядки выше, чем в феврале. Вайоминг, лидер, расследовал 20% своих дел. «Наша лаборатория, по сути, секвенирует каждый положительный образец, который они получают», - говорит Алексия Харрист, эпидемиолог штата. В штате Мэн, где совокупное секвенирование составляет 7,34%, секвенировано 21% новых положительных случаев за 3 недели, закончившиеся 14 августа.
Эти последовательности «представляют собой настоящий случайный набор» со всего штата, - говорит Ник Матлюк из Лаборатории тестирования здоровья и окружающей среды штата Мэн. Персонал лаборатории вырос с 15 до 50 во время пандемии, включая сотрудников Национальной гвардии, задействованных для ввода данных и утилизации биоотходов, а ее помещения включают контрактный 18-колесный велосипед с лабораторией повышенного уровня биобезопасности 2.
В Миссисипи эпиднадзор сейчас охватывает 75% округов, и более 99% проб составляют Delta. Но «за этим 1% интересно следить, потому что он может стать началом следующей волны», - говорит Эшли Робинсон, микробиолог из основного центра геномики Медицинского центра Университета Миссисипи. Например, в конце августа обозначенный ВОЗ VOI под названием Lambda появился в единственной выборке из небольшого городка на юго-западе Миссисипи. Благодаря финансированию CDC, «я добавил пару дополнительных образцов из этого маленького городка» для анализа на прошлой неделе, - говорит Робинсон.
Тем не менее, проблемы с расширением масштабов США остаются. Они включают фрагментированную систему здравоохранения, в которой в штатах действуют разные правила обмена данными. Например, общедоступная информационная панель CDC показывает данные только по Калифорнии в целом, а не по округам, что ограничивает анализ данных сторонними учеными.
Бедфорд говорит, что соединение множества последовательностей в стране с данными о пациентах остается ключевой проблемой, с которой не сталкиваются такие страны, как Великобритания и Израиль, с взаимосвязанными данными о пациентах. «Какая доля случаев прорыва - Дельта по сравнению с Альфа? Какая доля госпитализированных случаев относится к разным вариантам? » он спрашивает. Ответить на такие вопросы в Соединенных Штатах «гораздо труднее».
Благодарю всех за просмотр!
С уважением, Алексей Васильевич