Как и где мог возникнуть «странный» вариант SARS-CoV-2 — омикрон?

Происхождение омикрона — большая загадка. Его последний известный предок мог возникнуть ещё в конце 2020 года. Омикрон — не потомок альфа, дельта и многих других вариантов. Он развивался скрытно вдалеке от остальных вариантов, и мы пока не нашли его промежуточных звеньев.

На текущий момент есть 3 гипотезы, объясняющие такое странное развитие омикрона:

1. Омикрон долгое время развивался в популяции, где практически не секвенировали новые вирусные варианты.

В Африке есть много регионов, где не ведётся геномный надзор за новыми вариантами SARS-CoV-2. Ещё в 2020 году один из вариантов вируса мог развиваться за пределами ЮАР. В течение долгого времени люди из относительно закрытой популяции заражались этим вариантом снова и снова, пока он сильно не мутировал.

Минус гипотезы: в современном мире сложно найти столь изолированную популяцию, в которую вирусный вариант сперва попал, затем долгое время циркулировал не распространяясь за её пределы, и только сейчас появился в ЮАР и Ботсване.

2. Омикрон долгое время развивался у заражённого с иммунопатологией.

Если у здоровых людей вирус обычно не задерживается в организме более 8–9 дней(далее болеющий выделяет не инфекционные вирусные частицы, а лишь часть вируса), то у людей с иммунопатологиями всё иначе. Уже давно известно, что некоторые люди с иммунодефицитом могут очень долго переносить вирус. Например, известен случай, когда женщина с ВИЧ-инфекцией переносила SARS-СoV-2 более 6 месяцев За это время в вирусе накопилось множество изменений.

Учитывая тот факт, что в Африке сильно распространена ВИЧ-инфекция, SARS-СoV-2 мог находиться в организме одного из ВИЧ-инфицированных, постоянно мутируя и накапливая новые изменени

Минус гипотезы: у людей с сильно ослабленным иммунитетом вирус хоть и мутирует, но часто такой вариант не приспособлен к распространению в популяции людей без иммунопатологий. Хотя если допустить, что у варианта давно развилась лучшая способность к связыванию с ACE2, то это могло бы ему позволить эффективнее реплицироваться внутри носителя и эффективнее передаваться между людьм

3. Омикрон попал в животную среду, долгое время развивался там, а затем снова передался человек

На данный момент уже известно множество животных, которые могут заражаться SARS-СoV-2. Например, от 33,2% до 82,5% белохвостых оленей в штате Айова, США, были в какой-то момент заражены SARS-СoV-2 Например, от 33,2% до 82,5%

белохвостых оленей в штате Айова, США, были в какой-то момент заражены SARS-СoV-2 .Вариант мог перейти от человека в популяцию животных. Затем вирус циркулировал какое-то продолжительное время там, что объясняет его сильное отличие от других вариантов. После чего вирус передался от животных к человеку снова.

Минус гипотезы: учитывая огромное количество людей, которые переносят вирус, куда вероятнее, что SARS-СoV-2 мутировал где-то в человеческой популяции, чем проделал такой сложный путь. Ведь нужно не только передать вирус в какой-то животный резервуар и получить его обратно, но вирус должен сохраниться в этом резервуаре и ко всему прочему испытывать существенное давление для столь значимых эволюционных изменений.