Внутри лаборатории секвенирования на переднем крае американских поисков Омикрона
Все больше штатов находят случаи нового варианта. Эксперты говорят, что отслеживание его распространения является ключом к пониманию того, какую угрозу он представляет.

ОМАХА - Исследователи из Небраски только что завершили секвенирование шести образцов варианта Омикрон, наиболее обнаруженного где-либо в Соединенных Штатах. Просто они этого еще не знали.
В комнате размером с шкаф с двумя стульями и без окон ученые извлекли генетическую информацию из 64 новых образцов коронавируса, как они это делают каждый день, чтобы определить, может ли кто-нибудь из этих пациентов иметь тревожный новый вариант. Через несколько часов доктор Баха Абдалхамид открыл электронное письмо и увидел результаты.
«Я ждал эту партию», - сказал д-р Абдалхамид, заместитель директора Лаборатории общественного здравоохранения Небраски. «Как только я загрузил результаты в виде таблицы Excel, я сразу проверил 64 образца, и, конечно же, шесть из них были Omicron». Официальные лица Небраски объявили о шести случаях, первых в штате, в пятницу.
Во всем мире ученые спешат понять, насколько широко распространен Омикрон и насколько серьезную угрозу он может представлять. Это поставило лаборатории, подобные лаборатории доктора Абдалхамида, на передний край борьбы с пандемией коронавируса.
Подчеркнув растущую обеспокоенность по поводу Omicron, ученые из Южной Африки заявили в пятницу, что этот вариант, по-видимому, распространялся более чем в два раза быстрее, чем Delta, которая до сих пор была самой заразной версией вируса. До сих пор неясно, сможет ли Омикрон избежать защиты от существующих вакцин и в какой степени.
В Соединенных Штатах охота на этот вариант началась на прошлой неделе, когда южноафриканские исследователи объявили о множестве тревожных мутаций Omicron. В последние дни поиски активизировались, по крайней мере, в 12 штатах выявлены случаи. Исследователи изучают образцы сточных вод на наличие признаков этого варианта. Средства отслеживания контактов наращивают усилия в тех местах, где были выявлены случаи заболевания.
А в лабораториях по секвенированию, подобных той, что находится в Небраске, штате, где уровень заболеваемости уже высок, а больницы уже напряжены, ученые ускорили скрининг образцов от международных путешественников, чтобы узнать, прибыл ли Омикрон.
Местные представители здравоохранения в сельской местности на юго-востоке Небраски заявили, что среди случаев, обнаруженных доктором Абдалхамидом, один человек недавно ездил в Нигерию и, как полагают, передал вирус пяти другим членам той же семьи после возвращения в Небраску. Ни у одного из пациентов не было серьезных симптомов; только один был вакцинирован.
«Беспокойство заключается в том, что может начаться проявляться, если он начнет поступать сюда», - сказал Питер Ивен, директор Лаборатории общественного здравоохранения Небраски, в четверг до того, как были обнаружены местные случаи заболевания. «Увидим ли мы ту же волну? Или где этот выпадает, а другой начинает взлетать? »
Когда в День Благодарения распространились слухи об открытии Омикрона в Африке, ученые в Соединенных Штатах отвлеклись от своих праздничных выходных и начали искать подсказки о том, был ли этот вариант здесь тоже. Они просмотрели образцы старых вирусов, чтобы узнать, распространяется ли Омикрон незаметно. Они внимательно изучили недавние положительные тесты. Они начали изучать мутации Omicron, чтобы они могли вручную обнаружить их в генетическом коде, если их программное обеспечение для секвенирования этого не сделало.
Эксперты говорят, что знание того, где и насколько широко распространяется Omicron, - лучший способ понять уровень угрозы, которую он представляет, и отреагировать на нее. Ученые выразили обеспокоенность по поводу мутаций Омикрона и того влияния, которое они могут оказать на трансмиссивность, тяжесть заболевания и способность уклоняться от прежнего иммунитета.
Пока существует ограниченное количество реальных данных, подтверждающих эти опасения, но становится все более очевидным, что Omicron уже присутствует на большей части территории Соединенных Штатов. В среду ученые Калифорнии объявили о случае. Затем в четверг в Миннесоте появилось объявление о человеке, у которого был положительный результат после посещения аниме-конвенции в Нью-Йорке. В течение нескольких часов пять случаев были обнаружены в Нью-Йорке, один в Колорадо и еще один на Гавайях.
В пятницу появилось больше случаев заболевания, в том числе по одному в Луизиане, Миссури, Нью-Джерси, Пенсильвании и Юте и три в Мэриленде. Многие, но не все случаи были связаны с поездками.
Все это придает актуальности работе в лаборатории Омахи, расположенной за запертыми дверями в исследовательском здании Медицинского центра Университета Небраски. Каждый день исследователи извлекают РНК из 64 носовых мазков, присланных со всего штата, и пропускают этот материал через две машины, которые примерно через 18 часов создают генетическую последовательность для каждой инфекции.
Они сосредоточены на случаях самого высокого риска: тех, которые связаны с крупными вспышками, детьми или международными путешественниками. Результаты, которые загружаются в глобальную базу данных, показывают им, какие варианты присутствуют в состоянии и связаны ли отдельные случаи друг с другом. Когда репортер и фотограф New York Times посетил лабораторию в четверг, ученые только что закончили секвенировать образцы, которые включали шесть корпусов Omicron, но еще не исследовали результаты.
«Если у нас есть группа людей, например, 10, 15, 20 человек - один из них обнаруживается с помощью Omicron. Остальные, есть у них Омикрон или нет? Если у них есть Omicron, как эти вирусы Omicron связаны друг с другом? Они одинаковы?" Сказал доктор Абдалхамид, объясняя некоторые вопросы, на которые он попытается ответить, когда этот вариант обнаружится в его лаборатории. «Это один клон, один кластер? Или более одного кластера? »
Такой уровень детализации, который в значительной степени был недоступен до этой пандемии, может затем послужить основой для ответных действий должностных лиц общественного здравоохранения.
«Удивительно, что мы можем это сделать, потому что раньше на самом деле все, что вам нужно было - это задавать вопросы», - сказал доктор Линдси Хьюз, директор по здравоохранению в округе Дуглас, штат Небраска, включая Омаху. Она добавила: «Это просто помогает нам быть более целенаправленными в рекомендациях и усилиях по смягчению последствий, которые мы прилагаем».
В начале этого года американские исследователи публиковали последовательности нескольких тысяч образцов вирусов каждую неделю, оставляя Соединенные Штаты далеко позади других стран в способности идентифицировать варианты и реагировать на них. С тех пор возможности по секвенированию значительно выросли: до 80 000 образцов вируса в неделю и 14 процентов всех положительных результатов ПЦР-тестов.
В течение последних нескольких месяцев почти все исследованные исследователи выборки показали наличие высокоинфекционного варианта Дельта, который за лето привел к увеличению числа случаев заболевания на Юге и подпитывает продолжающиеся всплески на большей части Среднего Запада и Северо-Востока.
Пандемия коронавируса: что нужно знать
Карточка 1 из 5
Вариант Omicron. Последний вариант Covid-19 был идентифицирован 25 ноября учеными в Южной Африке и с тех пор был обнаружен в более чем 20 странах, включая США. Нью-Йорк заявил 2 декабря, что он выявил первые случаи заболевания в штате. Вам стоит беспокоиться? Вот ответы на частые вопросы об этом варианте.
План Байдена о зимнем Ковиде. Когда Omicron прибыл в США, президент Байден объявил о новой пандемической стратегии, которая включает сотни ориентированных на семью пунктов вакцинации, ревакцинацию для всех взрослых, новые требования к тестированию для международных путешественников и компенсацию страховки за тесты на дому.
Новые ограничения на поездки и блокировки. Германия объявила о жестких ограничениях для непривитых людей, запрещающих им участвовать во многих сферах общественной жизни. Япония, Израиль и Марокко остановили всех иностранных путешественников, а Австралия отложила открытие своих границ. Вот что нужно знать об ограничениях на поездки.
Смещение взглядов экспертов на бустеры. В течение нескольких месяцев многие эксперты в области общественного здравоохранения выступали против планов по внедрению бустерных прививок от Covid для всех взрослых. Но по мере того, как Omicron набирает обороты, исследователи меняют свое мнение и теперь считают, что выстрелы могут предложить лучшую защиту от нового варианта.
Восстановление экономики под угрозой. Все еще хрупкая мировая экономика находится в состоянии ожидания, поскольку во всем мире всплывают вспышки коронавирусных инфекций и случаи заболевания Omicron, а новые ограничения уже подрывают доверие потребителей.
«Честно говоря, это было довольно скучно, потому что это была 100-процентная Дельта», - сказал Ричард Мишельмор, исследователь из Калифорнийского университета в Дэвисе, который изучает происхождение образцов коронавируса в своем районе.
В последние дни, когда стало известно об Omicron, доктор Мишельмор сказал, что его лаборатория возобновила программу сбора и исследования образцов из групп населения, не получающих достаточного медицинского обслуживания. Хотя еще слишком рано знать, насколько опасен Омикрон, доктор Мишельмор не сомневается, что он скоро появится в его лаборатории.
«Это вопрос когда», - сказал доктор Мишельмор. «Мое предсказание, мы увидим это, вероятно, к Рождеству».
Внедрение Омикрона произошло в опасный момент в борьбе с вирусом в стране. Хотя уровни инфицирования и госпитализации остаются намного ниже в национальном масштабе, чем год назад, до того, как вакцины были доступны, некоторые штаты на Верхнем Среднем Западе и Северо-Востоке переполнены вариантом Дельта и переживают наихудшие всплески пандемии.
Федеральные медицинские бригады были отправлены для пополнения штата больниц в Миннесоте и Мичигане. Количество случаев заболевания взлетело до рекордного уровня в Вермонте и Нью-Гэмпшире. А в Небраске официальные лица больниц провели на этой неделе пресс-конференции, чтобы предупредить об ограниченных возможностях и сделать просьбу о вакцинации.
«Это серьезно: в наших больницах на данный момент не хватает койко-мест», - сказал д-р Хусе, окружной директор здравоохранения.
Прошло почти два года с тех пор, как вирус начал появляться в Соединенных Штатах, в том числе у зарубежных путешественников, которые находились на карантине в том же кампусе Омахи, где на этой неделе были обнаружены шесть случаев заражения вирусом Омикрон. В отличие от того времени, Omicron до сих пор не добивалась введения карантина или радикальных ограничений в повседневной жизни. Вместо этого, как сказал губернатор Небраски Пит Рикеттс в заявлении в пятницу после объявления о новых случаях заболевания в штате, есть ощущение, что «коронавирус будет с нами навсегда».
«Небраска поддерживает один из самых низких показателей смертности от коронавируса и защищает наши больницы без ограничений, без обязательных масок и без обязательных прививок», - заявил в заявлении республиканец г-н Рикеттс.
Он пообещал, что эта политика будет продолжаться.