В недавнем исследовании, опубликованном в журнале Eurosurveillance Journal, ученые обнаружили загадочную линию коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2) на норковых фермах в Польше.
Справочная информация
Во время пандемии коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) производство норок сильно пострадало во всем мире, особенно после сообщений о передаче вируса SARS-CoV-2 от человека к животным и обратном распространении.
Однако, в отличие от Дании и Нидерландов, где проводилась выбраковка норок, Польша этого не сделала. Соответственно, Польша стала крупнейшим производителем норок в Европе.
Однако в период с 2019 по 2023 год количество норковых ферм в Польше резко сократится - с 350 до 166. Этому способствовали проблемы с импортом шкурок и снижение спроса на мех во всем мире.
Об исследовании
В Польше с декабря 2021 года начали проверять все норковые фермы по новой схеме, чтобы выявить SARS-CoV-2 у животных, когда у них появлялись симптомы заболевания, они начинали умирать или у работников обнаруживался COVID-19-положительный тест.
Они собрали мазки из ротоглотки для анализа в режиме реального времени с помощью обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции (RT-PCR) на трех фермах (фермы 14, 16 и 17), расположенных в низменном сельскохозяйственном районе, но в 8 км от него.
Исследователи выявили первую положительную ферму в январе 2021 года и еще 13 ферм к июлю 2022 года. В период с сентября 2022 года по январь 2023 года они выявили еще три положительные норковые фермы, фермы 14, 16 и 17.
Команда собрала образцы для проведения полногеномного секвенирования (WGS), размер выборки которого позволил выявить распространенность заболевания от 50% до 5%, соответственно, с достоверностью 95%. WGS помогло исследователям собрать данные об изменениях в геномах SARS-CoV-2, обнаруженных у норок.
Далее исследователи попытались найти потенциальные источники попадания SARS-CoV-2 в норки. Так, они проводили опросы и посещения объектов в соответствии с процедурой, описанной в исследовании Sikkema et al. Команда не могла проводить серологические исследования; таким образом, они не имели представления о том, были ли норки с положительным результатом (в данном исследовании) когда-либо инфицированы в прошлом.
Результаты
Исследователи выявили 14 норковых ферм, положительных по SARS-CoV-2, где инфекции вызывали четыре типа вариантов SARS-CoV-2, относящихся к восьми филогенетическим линиям названной глобальной вспышки (PANGO). Кроме того, исследователи обнаружили новую, криптическую линию SARS-CoV-2 за короткий период в три месяца на двух норковых фермах, расположенных в непосредственной географической близости.
Филогенетический анализ показал, что вирусы из обеих норковых ферм образовали кластер, тесно связанный с геномными последовательностями вируса B.1.1.307, полученными из этого польского региона и разных частей Европы почти два года назад из случаев COVID-19 у человека, однако с >40 однонуклеотидными полиморфизмами (SNPs).
Вирусы, обнаруженные на норковых фермах, были практически идентичны, но имели несколько мутаций, не обнаруженных в штамме Wuhan-Hu1 и человеческом B.1.1.307 SARS-CoV-2, включая F486L и N501T в шипе (S), что позволяет предположить эволюцию вируса у норок.
Другие мутации представляли собой аминокислотные замены и делеции в позициях F486L, N501T, W64L, T572I и S929I и позициях 140-143, соответственно.
Отрицательные результаты тестов RT-PCR у работников фермы и членов семей владельцев исключили возможность хронического вирусного лишая, который заразил норку SARS-CoV-2. Вероятно, вирус в норки попал от неопределенного животного.
На всех трех фермах, где у норок был обнаружен SARS-CoV-2, норки могли контактировать с кошками или другими дикими плотоядными, которые, вероятно, служили промежуточными хозяевами для SARS-CoV-2.
Исследователи заметили, что все три фермы, зараженные SARS-CoV-2, имели бетонный забор высотой 1,8 м без отверстий для проникновения диких животных. Однако деревья с обеих сторон, которые тянулись через него, обеспечивали потенциальный путь для проникновения на фермы.
Кроме того, имелись и другие барьеры для защиты норок на фермах, например, клетки из проволочной сетки на столбах без стен. На входе на ферму имелись ворота из гофрированного металла.
Интервью с персоналом и владельцами ферм подтвердили спорадическое присутствие диких хищников, например, лис, на норковых фермах. Кроме того, они упомянули, что дикие виды птиц также иногда посещали эти фермы. Хотя сотрудники фермы не знали о сбежавших норках, некоторые из них, вероятно, могли сбежать.
Другая возможность заключается в том, что свободно живущая норка занесла SARS-CoV-2 в норки на ферме; однако эта гипотеза требует проверки. С другой стороны, исследователи уверены, что встреча с вирусом произошла недавно.
Штамм SARS-CoV-2, обнаруженный у норок, отличался от SARS-CoV-2, инфицировавшего человека, всего на 40 нуклеотидов, что говорит о том, что он был приобретен недавно и быстро эволюционировал.
У норок на фермах, зараженных SARS-CoV-2, не было типичных симптомов заболевания, что повышает вероятность независимой эволюции вируса и является потенциальным источником новых штаммов, которые могут вызвать новые вспышки.
На сегодняшний день они не смогли обнаружить распространения выявленной криптической линии SARS-CoV-2 в человеческой популяции. На норкофермах не было летучих мышей. Однако команда обнаружила одичавших кошек на всех норковых фермах, изученных в ходе исследования. Тестирование помета одичавших кошек на наличие SARS-CoV-2 дало отрицательные результаты.
Выводы
Несмотря на заметное сокращение норковых ферм, они все еще существуют в Польше, служа питательной средой для передачи SARS-CoV-2 от человека к животному и обратного распространения. Исследование показало необходимость увеличения частоты рутинного эпиднадзора за SARS-CoV-2 на норковых фермах, тем более что животные были бессимптомными.
Важно отметить, что польские власти должны усилить тестирование работников ферм, владельцев и членов их семей. Кроме того, необходимо проводить спорадическое молекулярное и серологическое тестирование диких животных, таких как одичавшие норки, кошки, куницы, лисы и т.д.
В отсутствие обязательного надзора определение местонахождения источника проникновения вируса становится невыполнимой задачей, и они остаются необнаруженными. Как показало исследование, полагаться только на пассивный надзор после симптоматической вспышки было неадекватно.
Источник: https://www.news-medical.net/news/20230424/Study-identifies-an-unknown-SARS-CoV-2-lineage-on-three-mink-farms-in-Poland.aspx
