Британское издание Daily Mail сообщило в среду о появлении на юге Африки сильно мутировавшего и потенциально особо опасного варианта SARS-CoV-2. Это подтвердил в четверг Национальный институт инфекционных болезней ЮАР.
В шиповидном белке этого коронавируса, зарегистрированного под индексом B.1.1.529, насчитали 50 мутации — значительно больше, чем в любом другом изоляте. Он быстро распространяется в ЮАР, а в центральной провинции страны уже стал доминирующим, вытеснив дельта-штамм.
ВОЗ: новейший штамм COVID-19 B.1.1.529, названный буквой «омикрон», может угрожать странам
Хуже дельты
Первый случай зафиксировали в Ботсване 11 ноября, тремя днями позже — в ЮАР и Гонконге — у человека, прибывшего из Южной Африки. Национальная лабораторная служба здравоохранения ЮАР пока сообщила о 22 инфицированных, но, считают специалисты, их намного больше, так как вариант B.1.1.529, вероятно, циркулирует с начала месяца. Просто его не сразу идентифицировали — слишком не похожа его последовательность на другие штаммы.
"Он очень сильно изменился, много мутаций в белке-шипе", — отмечает в фейсбуке Дмитрий Прусс, генетик из Солт-Лейк-Сити.
Ученых шокировали характеристики B.1.1.529. Вирусолог Том Пикок из Имперского колледжа Лондона в комментарии Daily Mail назвал такую комбинацию мутаций ужасающей. По его словам, штамм может быть "хуже, чем все остальные", включая доминирующую в мире дельту.
Эксперт опасается, что "ботсванский" штамм способен ускользать от нейтрализующих привитых и моноклональных антител, используемых для лечения COVID-19. В частности, среди 32 мутаций есть K417N и E484A — как у "южноафриканской" беты. Имеются и N440K, как у дельты, и S477N — как в "нью-йоркской" йоте.
Все это облегчает уклонение от антител, сформированных вакцинами. Кроме того, одна из мутаций — N501Y, зафиксированная также у штаммов альфа и бета, повышает заразность. Есть и множество других изменений, роль которых пока неясна.
Юг Африки в огне
Похоже, самые мрачные прогнозы сбываются. Несколько часов назад NGS-SA — Сеть геномного надзора ЮАР — сообщила, что, по уточненным данным, в центральной провинции Гаутенг, где находятся крупнейшие города страны Йоханнесбург и Претория, B.1.1.529 полностью вытеснил дельту уже к середине ноября и быстро распространяется по другим регионам.
"Технически это может означать, что новый штамм примерно в пять раз заразнее дельты. Но необязательно, что в других местах он получит такое же преимущество", — комментирует Дмитрий Прусс.
"Выявленные случаи и процент положительных тестов быстро увеличиваются, особенно в Гаутенге, Северо-Западной провинции и Лимпопо", — информирует сайт Национального института инфекционных болезней ЮАР (NICD).
Карта юга Африки, где в конце ноября обнаружили новый опасный вариант SARS-CoV-2. Его ген спайк-белка несет рекордное число мутаций — 32, в том числе те, что усиливают заразность.
Откуда взялся новый штамм
Множественные изменения генома SARS-CoV-2 ранее неоднократно фиксировали в образцах, взятых у хронических больных с иммунодефицитом. Вирус у них в организме может оставаться месяцами, постепенно накапливая мутации и не встречая должного отпора иммунной системы. Так же было и с альфой. Поэтому ученые сразу предположили, что "гипермутант" возник в результате затяжной инфекции у пациента с ослабленным иммунитетом, возможно, у больного СПИДом.
"Неудивительно, что новый вариант обнаружили в Южной Африке", — высказался по этому поводу профессор Адриан Пурен, исполняющий обязанности исполнительного директора NICD.
В стране много ВИЧ-инфицированных, но люди часто не знают о своем диагнозе. А секвенирование РНК из положительных на коронавирус ПЦР-проб делают редко.
В четверг Министерство здравоохранения ЮАР заявило, что, по их расчетам, все началось с двух "горячих точек" — Университета Претории и Технологического университета Тшване, а первичными очагами стали кластерные вспышки среди молодежи.
Время покажет
Однако, по мнению ученых, такое изобилие мутаций может сработать и против вируса, сделав его нестабильным. Поэтому говорить о том, что новый штамм станет глобальной проблемой, еще рано.
"Надо внимательно следить за ним. В данный момент причин для особого беспокойства нет", — подчеркивает генетик из Университетского колледжа Лондона Франсуа Баллу.
"Трудно сказать что-то определенное, просто глядя на мутации, — добавляет профессор Лоуренс Янг, вирусолог из Медицинской школы Уорикского университета. — Но такое количество мутаций, часть которых не изучена, может быть опасным".
"Вирусы меняются, и неизбежно появляются новые варианты. Не нужно паниковать", — указал в твиттере Национальный институт инфекционных болезней ЮАР.
Доктор Мишель Грум, руководитель отдела надзора за общественным здравоохранением и ответных мер в NICD, говорит, что органы здравоохранения находятся в состоянии повышенной готовности и уделяют первоочередное внимание секвенированию положительных образцов COVID-19. Возникновение новых вариантов вируса, продолжает она, не умаляет важности немедикаментозных мер. Нужны прививки, маски, гигиена, дистанцирование.
"Индивидуальная профилактика способна сильно ограничить распространение этого штамма. Вакцинация и предшествующее инфицирование — хорошая защита от тяжелой формы, и хотя заболеваемость может повыситься, число госпитализаций и смертность вряд ли сильно увеличатся по сравнению с предыдущими волнами", — отмечает представитель NICD.
В России гипермутированный штамм еще не обнаружили, но вероятность его появления есть, сказал РИА Новости руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий секвенирования ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов. При этом ученый заверил, что отечественные тест-системы способны определить и B.1.1.529.
"Поскольку он может быть обнаружен с помощью обычного ПЦР-теста, это упростит его отслеживание", — подтверждает в твиттере профессор Тулио де Оливейра, директор Центра реагирования на эпидемии и инноваций Южной Африки.
В публичной базе геномов GISAID уже обновили номенклатуру, созданную в программе Pango, чтобы B.1.1.529 был виден среди загруженных ранее и новых образцов. "Это говорит о чрезвычайной ситуации. Обычно на это уходят недели", — указывает Дмитрий Прусс.
В ночь с 25 на 26 ноября Великобритания закрыла авиасообщение с шестью африканскими странами — Ботсваной, Намибией, Лесото, Эсватини, Зимбабве — до тех пор, пока эксперты не исследуют свойства гипермутанта B.1.1.529.
Источник
10М
74.4к
