GISAID отозвал доступ исследователей после отчета, вызвав дискуссию о выводах, основанных на данных, найденных в онлайн-репозиториях.
20 марта международная группа исследователей опубликовала нашумевший онлайн-отчет 1 с описанием геномных данных, обнаруженных в мазках, взятых с рынка в Ухане, Китай, которые были связаны с происхождением пандемии COVID-19. Данные были собраны отдельной группой в Китае и размещены в крупной онлайн-базе данных Глобальной инициативы по обмену данными о птичьем гриппе (GISAID). Через несколько часов GISAID временно аннулировал доступ авторов.
GISAID заявил, что авторы отчета, размещенного на онлайн-платформе Zenodo, сделали недостаточно для защиты интересов команды в Китае — «генераторов данных» — и поэтому нарушили ее правила.
Авторы отчета Zenodo — международная группа из 19 ученых, многие из которых опубликовали статьи о происхождении SARS-CoV-2 — отрицают это, говоря, что они пытались сотрудничать с командой в Китае, и отмечая, что их новый отчет признает эту команду.
«Я чувствую, что нас наказывают за соблюдение как буквы, так и духа их правил», — говорит Джоэл Вертхейм, молекулярный эпидемиолог из Калифорнийского университета в Сан-Диего и соавтор отчета Zenodo, имея в виду к правилам GISAID. «Это обескураживает».
GISAID восстановил доступ авторов Zenodo в течение 24 часов. Представитель сообщил Nature, что центр данных в настоящее время изучает ситуацию и предоставил авторам доступ, пока расследование продолжается.
Эти события вызвали споры в исследовательском сообществе о том, как и когда распространять выводы, основанные на данных, найденных в онлайн-репозиториях, особенно когда они касаются очень острого вопроса о происхождении пандемии.
GISAID - некоммерческое государственно-частное партнерство, является основным распространителем геномной информации, касающейся вирусов. «Это важнейший ресурс для нашей работы», — говорит Спирос Литрас, вирусолог-эволюционист из Университета Глазго, Великобритания, который не участвовал ни в одном из анализов.
С более чем 15 миллионами заявок почти из каждой страны мира, это самая большая база данных геномов SARS-CoV-2 «с большим отрывом», говорит Картик Гангаварапу, вычислительный биолог из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе, и один из соавторов ненадолго заблокировал доступ к сайту. «Если вы хотите проанализировать COVID-19 с глобальной точки зрения, вам следует использовать данные GISAID», — говорит Гангаварапу.
Енотовидные собаки
В отчете Zenodo, который не подвергался экспертной оценке, енотовидные собаки (Nyctereutes procyonoides) и другие виды животных указываются как возможные источники распространения SARS-CoV-2 среди людей.
Те же данные, проанализированные в отчете, легли в основу препринта 2, опубликованного на Research Square в феврале 2022 года исследователями из Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (China CDC) в Пекине, которые подготовили данные. В марте 2023 года соавторы отчета Zenodo заметили, что данные находятся в открытом доступе на GISAID, и загрузили их, но затем данные исчезли из публичного доступа по запросу от генераторов данных.
Правила GISAID требуют, чтобы исследователи «делали все возможное для сотрудничества» с производителями данных и привлекали их к своему анализу.
В публичном заявлении от 21 марта GISAID заявил, что он связался с CDC Китая и установил, что авторы отчета Zenodo не выполнили это требование и сообщили «лишь о своем намерении опубликовать данные генератора данных».
GISAID также сообщил, что авторы отчета Zenodo «обманули» авторов China CDC, опубликовав свой анализ на Zenodo до того, как работа группы China CDC была опубликована в рецензируемом журнале. Представитель GISAID сообщил Nature, что Центр контроля заболеваний Китая подал жалобу, в которой говорится, что китайские исследователи просили авторов отчета Zenodo «повременить» с их публикацией, потому что у них «ожидалась рукопись, и они находились в процессе обновления некоторых данных, которые они представили по запросу рецензентов». (Препринт China CDC в настоящее время помечен как «на рассмотрении» в Nature Portfolio; отдел новостей Nature независим от своего издателя Springer Nature, который издает журналы Nature Portfolio).
Исследователи из Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний, с которыми связалась Nature, не ответили на просьбы прокомментировать ситуацию.
Члены международной команды отрицают эти обвинения. В своем отчете и электронном письме, отправленном в GISAID от имени всех авторов Майклом Вороби, биологом-эволюционистом из Аризонского университета в Тусоне, они говорят, что предприняли несколько попыток сотрудничать с генераторами данных, которые были отклонены. Группа признательна команде CDC Китая за их анализ.
Вертхейм говорит, что тот факт, что препринт уже был размещен в Интернете, защищает исследователей Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC) от кражи. И в своем отчете Zenodo авторы прямо заявляют, что они уважают право исследователей Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC) быть первыми, кто опубликует рецензируемую статью о своих данных, и не намерены представлять свой отчет на рассмотрение, что могло бы конкурировать с этим процессом.
Авторы Zenodo также отмечают в своем отчете, что с момента сбора данных, которые имеют решающее значение для понимания происхождения пандемии, прошло более трех лет.
Обсуждение искр
Дебаты по поводу отчета Zenodo вызвали дискуссию в более широком исследовательском сообществе. По словам Густаво Паласиоса, вирусолога из Медицинской школы Икана на горе Синай, опубликовав отчет до того, как работа владельцев данных будет опубликована в журнале, исследователи Zenodo могли удержать генераторы данных от обмена информацией из-за боязни быть украденными. По его словам, это может ухудшить реакцию на будущие пандемии.
Но тот факт, что препринт с описанием данных уже опубликован, защищает поставщиков данных, говорят другие исследователи. Пандемия создала прецедент использования препринтов для получения кредита на данные и анализ, говорит Сергей Понд, биолог-эволюционист из Университета Темпл в Филадельфии, штат Пенсильвания. «Как только вы публикуете препринт, вы подтверждаете, что это ваши данные», — говорит он.
Сенджути Саха, молекулярный микробиолог из Исследовательского фонда детского здоровья в Дакке, сомневается в необходимости срочности со стороны авторов Zenodo: она говорит, что в настоящее время жизни людей не зависят от данных, и поэтому не было необходимости спешить.
Актуальность данных для возникновения пандемии «недостаточно веская причина, чтобы подорвать фантастически выгодное предприятие с открытыми данными, которое полностью зависит как от доброй воли производителей данных, так и от хорошего поведения пользователей данных», — говорит Даррен Мартин, вычислительный биолог в Кейптаунском университете, ЮАР.
Но другие видят в отчете Zenodo не попытку зачерпнуть работу ЦКЗ Китая, а своего рода широко признанную и полезную научную дискуссию, которая должна следовать из препринта. «Другие люди могут начать анализировать данные и написать о своей интерпретации данных. И они могут сделать это, цитируя первоначальных исследователей, отдавая им должное за создание этих данных», — говорит Тео Сандерсон, генетик из Института Фрэнсиса Крика в Лондоне, который подчеркивает, что его взгляды не отражают точку зрения его учреждения.
Отсутствие ясности
Некоторые исследователи также говорят, что в правилах доступа к данным GISAID и в том, как они применяются, отсутствует ясность, а, учитывая важность GISAID для научных исследований, ясность имеет решающее значение.
В правилах прямо ничего не говорится о черпании, не дается четких определений того, что влечет за собой «все усилия для сотрудничества», не указываются сроки окончания действия требования о запросе сотрудничества и не говорится, будет ли группа публиковать данные с использованием данных GISAID, если производители данных откажутся или не ответят, говорят исследователи Nature.
По словам Гангаварапу, более четкое разъяснение со стороны GISAID обстоятельств, при которых доступ к данным GISAID может быть отозван, предотвратит непреднамеренное нарушение правил исследователями.
GISAID заявляет, что ожидает, что пользователи будут применять «здравый смысл» и обращаться за разъяснениями напрямую, когда они не уверены в правилах. В нем говорится, что в терминах использования явно не упоминается «зачерпывание» из-за широкой интерпретации этой фразы. И если стороны не согласны с сотрудничеством, это может привести к отдельным публикациям, «но всегда должен быть приоритет для генератора данных, чтобы рассказать свою историю первым».
GISAID описывает недавнюю ситуацию как «чрезвычайно редкое событие» и говорит, что приостановка действия учетной записи является крайней мерой. «Подавляющее большинство десятков тысяч пользователей GISAID соблюдают строгий научный этикет, что способствовало ошеломляющему успеху инициативы в течение последних 15 лет», — говорится в сообщении GISAID.
После публикации отчета Zenodo GISAID снова сделал данные, лежащие в основе анализа, доступными для своих пользователей, и уточнил свои правила доступа к этим данным. Во всплывающем окне теперь прямо говорится, что GISAID ожидает, что любые анализы, основанные на нем, не будут опубликованы.
