По делам об установлении отцовства суд может назначить проведения экспертизы ДНК. При этом по общему правилу экспертиза первоначально оплачивается стороной по делу, которая заявила ходатайство о необходимости проведения экспертизы. Как правило, в делах по установлению отцовства, если ответчик не признаёт отцовство, экспертиза назначается по инициативе истца, поэтому истец первоначально оплачивает экспертизу.

При этом суд, а также мировой судья может освободить гражданина с учетом его имущественного положения от уплаты расходов, по проведённой экспертизе ДНК, или уменьшить их размер. В этом случае расходы возмещаются за счет средств соответствующего бюджета (ч.3 ст. 96 ГПК РФ). А также экспертиза может быть оплачена за счёт бюджета, если экспертиза назначается по инициативе суда. После определения результатов экспертизы, если экспертиза подтвердила отцовство, судебные издержки, в том числе стоимость экспертизы суд обязывает возместить с ответчика. Например, истец (мать ребёнка) оплатил экспертизу ДНК и на основании экспертизы отцовство установлено, в этом случае суд обязывает ответчика (отца ребёнка) возместить истцу стоимость экспертизы и другие судебные издержки (оплата услуг представителя) (статья 98 ГПК РФ).