В налоговый орган поступают сведения из ЕГРН, т.е. инспектор увидит, что право собственности зарегистрировано в 2021 г. и в том же году прекращено. Соответственно ФНС вправе будет выставить требование на оплату налога в размере 13% от всей суммы сделки.

Срок исковой давности составляет 3 года, соответственно, ФНС может подать на Вас в суд до декабря 2024 года.

В Вашей ситуации возможно пойти двумя путями:

1. Надеяться, что до декабря 2024 года у инспекторов ФНС будут другие более важные налоговые споры.

2. Подать в личном кабинете ФНС декларацию за 2021 год, в декларации указать сумму налогового вычета.

2.1 Налоговый вычет можно применить в сумме 1 млн. руб. (стандартный налоговый вычет),

2.2 Либо на всю сумму сделки.

При указании налогового вычета на всю сумму сделки необходимо будет прикрепить документы о возникновении права собственности с 1999 г., а также пояснительную записку, о том что прошел предельный срок владения жилой недвижимостью.

Варианты развития событий:

2.1. При указании налогового вычета в размере 1 млн. р., Вы заплатите налог на сумму в размере разницы между ценой договора и 1 млн. Если цена сделки равна 1 млн. или незначительно ее превышает, то это самый оптимальный вариант.

2.2. Инспектор может принять Ваши документы и зачесть предельный срок владения с 1999 г., соответственно налог начислен не будет, либо инспектор может сослаться на ст. 551 ГК РФ, в соответствии с которой сделки с недвижимостью подлежат регистрации, то есть будет выставлено требование об уплате налога, такое требование можно будет оспорить в судебном порядке. При этом в судебном порядке можно выстроить позицию об исчислении срока владения с момента оплаты ДКП от 1999 г. по аналогии с договорами ДДУ (ст. 217.1 НК РФ).