Согласно статьям 5 и 6 Федерального закона от 4 мая 2011 г. N 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности" (далее: Закона) лицензирование отдельных видов деятельности находится в компетенции государства, чьи действия можно признать незаконными:
Статья 5. Полномочия Правительства Российской Федерации в области лицензирования и полномочия лицензирующих органов
1. К полномочиям Правительства Российской Федерации в области лицензирования относятся:
1) определение федеральных органов исполнительной власти, осуществляющих лицензирование конкретных видов деятельности;
2) утверждение положений о лицензировании конкретных видов деятельности и принятие нормативных правовых актов по вопросам лицензирования;
3) утверждение порядка предоставления документов по вопросам лицензирования в форме электронных документов, подписанных электронной подписью, с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе единого портала государственных и муниципальных услуг;
4) утверждение типовой формы лицензии;
5) утверждение показателей мониторинга эффективности лицензирования, порядка проведения такого мониторинга, порядка подготовки и представления ежегодных докладов о лицензировании.
2. К полномочиям лицензирующих органов относятся:
1) осуществление лицензирования конкретных видов деятельности;
2) проведение мониторинга эффективности лицензирования, подготовка и представление ежегодных докладов о лицензировании;
3) утверждение форм заявлений о предоставлении лицензий, переоформлении лицензий, а также форм уведомлений, предписаний об устранении выявленных нарушений лицензионных требований, выписок из реестров лицензий и других используемых в процессе лицензирования документов;
4) предоставление заинтересованным лицам информации по вопросам лицензирования, включая размещение этой информации в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет" на официальных сайтах лицензирующих органов с указанием адресов электронной почты, по которым пользователями этой информацией могут быть направлены запросы и получена запрашиваемая информация.
Статья 6. Передача осуществления полномочий Российской Федерации в области лицензирования отдельных видов деятельности органам государственной власти субъектов Российской Федерации
Осуществление полномочий Российской Федерации в области лицензирования отдельных видов деятельности может быть передано органам государственной власти субъектов Российской Федерации в случаях, предусмотренных федеральными законами.
Скорее всего речь о получении лицензии для Вашей организации: получение лицензии требуется согласно п.46 части 1 статьи 12 Закона. Если организация соответствует требованиям, то отказ неправомерен. См. Положение о лицензировании медицинской деятельности (за исключением указанной деятельности, осуществляемой медицинскими организациями и другими организациями, входящими в частную систему здравоохранения, на территории инновационного центра "Сколково") (утв. постановлением Правительства РФ от 16 апреля 2012 г. N 291).
Если безосновательно не дают лицензию, то Вы вправе обжаловать незаконные действия либо бездействие должностного лица вышестоящему должностному лицу, в прокуратуру либо в районный суд в порядке, предусмотренном статьями 218-219 Кодекса административного судопроизводства РФ.