Можно ли отсудить единственному наследнику выморочное имущество у муниципалитета (кроме того срок принятия наследства пропущен)?

Логично, что пропущен, успело же оно стать выморочным. Можно затеять этот сложный судебный спор, его исход по 2 м строкам вопроса предугадать невозможно.

Если вы докажете в суде факт фактического принятия наследства в течении 6 месяцев после смерти наследодателя (действия по фактическому принятию наследства совершаются именно в период 6 месяцев после смерти, а не после), то возможно

Согласно разъяснениям, содержащимся в пункте 36 постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 29 мая 2012 года № 9 «О судебной практике по делам о наследовании», под совершением наследником действий, свидетельствующих о фактическом принятии наследства, следует понимать совершение предусмотренных пунктом 2 статьи 1153 Гражданского кодекса Российской Федерации действий, а также иных действий по управлению, распоряжению и пользованию наследственным имуществом, поддержанию его в надлежащем состоянии, в которых проявляется отношение наследника к наследству как к собственному имуществу.

В качестве таких действий, в частности, могут выступать:

вселение наследника в принадлежавшее наследодателю жилое помещение или проживание в нем на день открытия наследства (в том числе без регистрации наследника по месту жительства или по месту пребывания), обработка наследником земельного участка, подача в суд заявления о защите своих наследственных прав, обращение с требованием о проведении описи имущества наследодателя, осуществление оплаты коммунальных услуг, страховых платежей, возмещение за счет наследственного имущества расходов, предусмотренных статьей 1174 ГК РФ, иные действия по владению, пользованию и распоряжению наследственным имуществом.

В пункте 37 этого постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации разъяснено, что наследник, совершивший действия, которые могут свидетельствовать о принятии наследства (например, проживание совместно с наследодателем, уплата долгов наследодателя), не для приобретения наследства, а в иных целях, вправе доказывать отсутствие у него намерения принять наследство, в том числе и по истечении срока принятия наследства (статья 1154 ГК РФ), представив нотариусу соответствующие доказательства либо обратившись в суд с заявлением об установлении факта непринятия наследства. Анализ приведённых норм и разъяснений Пленума Верховного Суда Российской Федерации даёт основания полагать, что для наступления правовых последствий, предусмотренных пунктом 1 статьи 1175 Гражданского кодекса Российской Федерации, имеет значение факт принятия наследником наследства

Рита, если наследник предпринимал фактические действия по вступлению в наследство (например, оплачивал счета, содержал имущество, хранил, отдавал вещи), то возможно.