И дали подписать контракт тем самым обнадежив меня.

Александр, решение о заключении контракта сверх предельного возраста принимает соотв. должностное лицо: Приказ ФСБ РФ от 27 июля 2009 г. N 357 "Об утверждении Инструкции о порядке заключения в органах федеральной службы безопасности контрактов о прохождении военной службы с отдельными категориями граждан Российской Федерации"

2. Установить, что решение о заключении с гражданами Российской Федерации, являющимися высококвалифицированными специалистами, достигшими возраста 40 лет, первого контракта о прохождении военной службы, с достигшими предельного возраста пребывания на военной службе, нового контракта о прохождении военной службы принимают:

а) с назначаемыми на воинские должности, для которых штатом органа федеральной службы безопасности предусмотрено воинское звание полковника (капитана 1 ранга), а также с назначаемыми на иные воинские должности с присвоением первого воинского звания офицера - Директор ФСБ России;

б) с назначаемыми на воинские должности, для которых штатом органа федеральной службы безопасности предусмотрено воинское звание до подполковника (капитана 2 ранга) включительно, за исключением граждан Российской Федерации, назначаемых на воинские должности с присвоением первого воинского звания офицера, - руководитель Службы организационно-кадровой работы ФСБ России.

Таким образом, даже если вы подписали контракт, не факт что должностное лицо имеющего право решить о заключении с вами котракт его попишет.

Указ Президента РФ от 16 сентября 1999 г. N 1237 "Вопросы прохождения военной службы" (с изменениями и дополнениями)

Положение о порядке прохождения военной службы

Статья 10. Порядок заключения нового контракта с военнослужащими, достигшими предельного возраста пребывания на военной службе

6. Решение о заключении контракта с военнослужащим, достигшим предельного возраста пребывания на военной службе, принимается с учетом его деловых качеств, а также состояния здоровья.

При необходимости указанный военнослужащий может быть направлен для прохождения военно-врачебной комиссии.

Заключение военно-врачебной комиссии должно поступить должностному лицу, имеющему право принимать решение о заключении контракта, не менее чем за четыре месяца до окончания срока военной службы указанного военнослужащего.

7. Руководитель федерального органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, вправе определить категории специалистов, с которыми могут быть заключены контракты при достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе.

Исходя из изложенного, отказ заключить с вами контракт даже в случае годности к военной службе и положительного решения аттестационной комиссии соотв. должностным лицом правомерен, т.к. закон определяет ему право определять категорию с кем можно заключить контракт сверх предельного возраста.