Гражданину Украины, проживающему в Москве, отказали во въезде из-за нарушения условий временного пребывания

У меня оформлен патент на работу в ноябре 2016 и оплачиваю его вовремя

Как у Вас получилось его оформить в будущем времени? Если предположить что оформили Вы его в ноябре 2015 года, то могу сказать что патент нужно не только оплачивать, но и работать по нему. Если до сих пор Вы не уведомили УФМС о заключении договора, то патент аннулирован и ваше нахождение в РФ нелегально.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"

Статья 13.3. Особенности трудовой деятельности иностранных граждан, прибывших в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, на основании патента

7. В течение двух месяцев со дня выдачи патента иностранный гражданин, осуществляющий трудовую деятельность у лиц, указанных в абзаце первом пункта 1 настоящей статьи, обязан представить лично либо направить заказным почтовым отправлением с уведомлением о вручении в территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере миграции, выдавший патент, копию трудового договора или гражданско-правового договора на выполнение работ (оказание услуг).

22. Патент иностранному гражданину не выдается и не переоформляется, а выданный патент аннулируется территориальным органом федерального органа исполнительной власти в сфере миграции:

4) в случае непредставления в соответствии с пунктом 7 настоящей статьи копии трудового договора или гражданско-правового договора на выполнение работ (оказание услуг).