Почему срок действия жилищного сертификата имеет ограничение и какие правила приобретения жилья по сертификату?

Поэтому.

Правила

выпуска и реализации государственных жилищных сертификатов в рамках реализации подпрограммы "Выполнение государственных обязательств по обеспечению жильем категорий граждан, установленных федеральным законодательством" федеральной целевой программы "Жилище" на 2015 - 2020 годы

(утв. постановлением Правительства РФ от 21 марта 2006 г. N 153)

53. Распорядитель счета в пределах срока действия договора банковского счета имеет право приобрести на первичном или вторичном рынках жилья на территории субъекта Российской Федерации, указанного в сертификате, у физических и юридических лиц (одного или нескольких) жилое помещение (жилые помещения), отвечающее требованиям, установленным статьями 15 и 16 Жилищного кодекса Российской Федерации, благоустроенное применительно к условиям населенного пункта, выбранного для постоянного проживания, в том числе в сельской местности (с учетом надворных построек). При этом допускается приобретение доли в праве общей собственности на жилое помещение при условии, что в результате такой сделки жилое помещение полностью поступает в общую долевую собственность распорядителя счета и членов его семьи, определенных в соответствии с пунктом 17 настоящих Правил.

При указании в сертификате в графе "наименование субъекта Российской Федерации" городов федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга или Севастополя допускается приобретение жилого помещения соответственно в Московской области, Ленинградской области или Республике Крым.

Посмотрите здесь: base.garant.ru