Как правильно действовать в случае наследования квартиры с 3 собственниками и прописанным сыном после приватизации

не очень понятен вопрос. Отец несовершеннолетнего ребенка владеет долей в квартире, но там не проживает? Если так, то у Вас не получится его выселить. А даже если бы и получилось - это было бы бессмысленно, потому-что собственник доли в любой момент может без согласия других сособственников зарегистрироваться в этой квартире, а как следствие и зарегистрировать там своих несовершеннолетних детей так же без согласия остальных.

"В одной квартире 3 собственника; Мама, сын,дочь. Мама умерла осталось 2 собственника при этом, у дочери есть сын который прописан в данной квартире. Сын проживает в этой квартире со своей семьей. Дочь как собственник хочет продать свою долю в этой квартире. Сохранит ли её несовершеннолетний сын право на проживание в этой квартире? После продажи его мамой, её доли в этой квартире. Порядок расчетов между сторонами для обоюдного согласия, что порекомендуете? Спасибо. (с)"

Так понятнее. После продажи ВСЕЙ своей доли дочерью, её несовершеннолетнего сына в судебном порядке выселить можно, но только в случае если будет продана ее 1/3 + часть, которая ей достается от умершей мамы (если конечно достанется, Вы не указали, что с долей умершей). Но конечно же лучше избегать потенциальных судов до заключения договора и снять с регистрационного учета всех до заключения (регистрации) договора купли-продажи.