Как вернуть разницу оплаченной госпошлины, после оплаты суммы долга и уменьшения иска в арбитражном суде?

Здравствуйте, Диана. Это действительно так, если в решении нет пункта о выдаче истцу справки о возврате госпошлины, то ее и не выдадут. Согласно пп. 3 п. 1 ст. 333.22 НК РФ при уменьшении истцом размера исковых требований сумма излишне уплаченной государственной пошлины возвращается в порядке, предусмотренном ст. 333.40 НК РФ.При прекращении производства по делу в связи с отказом истца (заявителя) от иска (заявления) следует учитывать, что государственная пошлина не возвращается, если установлено, что отказ связан с добровольным удовлетворением ответчиком (заинтересованным лицом) заявленных требований после подачи искового заявления (заявления) в арбитражный суд (абзац третий пп. 3 п. 1 ст. 333.40 НК РФ). Что у Вас и произошло., поэтому судом и взысканв сумма в размере 2000 руб.

Возможно, мы друг друга не поняли, но вот как обычно развиваются события из практики.

Если у Вас по иску произошло уменьшение (не отказ от требований), то выдается справка на разницу. Фактически все выглядит как будто Вы ошиблись с размером требований и переплатили пошлину.

Если у Вас произошел частичный отказ в связи с удовлетворением требований и в удовлетворенной части производство прекращено, то как указывают уважаемые коллеги действует запрет на возврат госпошлины, установленный п. 3 ст. 333.40 НК РФ. Т.е. госпошлина за счет ответчика (Постановление Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 11 июля 2014 г. N 46 "О применении законодательства о государственной пошлине при рассмотрении дел в арбитражных судах").

Попробуйте все-таки письменно обратиться за справкой. Был случай, когда подобное обращение побудило суд "опомниться" в первой инстанции. Если не будет понимания с судом, то надо обжаловать.