Кто должен платить подоходный налог - работник или Индивидуальный Предприниматель?

Во-первых, в Пенсионный фонд платятся взносы, а не НДФЛ (налог на доходы физических лиц). Понятие подоходного налога давно упразднено, сейчас это НДФЛ.

Во-вторых, если ИП не платит Вам заработную плату в натуральной форме, например, товарами и т.п., то обязанность по исчислению и уплате налога с вашей з\п лежит на нем. Он в силу норма Налогового Кодекса РФ - налоговый агент.

Это прописано в следующей статье.

Статья 226. Особенности исчисления налога налоговыми агентами. Порядок и сроки уплаты налога налоговыми агентами

Индивидуальные предприниматели от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога.

В третьих, ИП, как и все остальные должен платить взносы в ПФ РФ и ФОМС за счет собственных средств, т.е. к сумме заработной платы, выданной Вам, он обязан применить 34 % и уплатить. Но не за счет заработной платы, а счет своих средств. Все остальное нарушение и, в т.ч. Трудового Кодекса РФ.

В-четвертых, он может и не перечислять деньги, полученные им от Вас (с учетом, что он и так обманывает Вас), в ПФ РФ, а это негативно отразиться на Вашей пенсии. Поэтому, мой совет обратиться в отделение ПФ РФ и проверить это. Если не проверяли, конечно.