Может ли мама забрать мои школьные документы без моего согласия, если у меня есть конфликт с ней?

Здравствуйте! Да, может.

Согласно Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 06.03.2019)

"Об образовании в Российской Федерации"

Статья 44. Права, обязанности и ответственность в сфере образования родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся

3. Родители (законные представители) несовершеннолетних обучающихся имеют право:

1) выбирать до завершения получения ребенком основного общего образования с учетом мнения ребенка, а также с учетом рекомендаций психолого-медико-педагогической комиссии (при их наличии) формы получения образования и формы обучения, организации, осуществляющие образовательную деятельность, язык, языки образования, факультативные и элективные учебные предметы, курсы, дисциплины (модули) из перечня, предлагаемого организацией, осуществляющей образовательную деятельность;

Статья 57 СК РФ. Право ребенка выражать свое мнение (Семейный кодекс РФ) Ребенок вправе выражать свое мнение при решении в семье любого вопроса, затрагивающего его интересы, а также быть заслушанным в ходе любого судебного или административного разбирательства. Учет мнения ребенка, достигшего возраста десяти лет, обязателен, за исключением случаев, когда это противоречит его интересам.

Хоть вы еще и несовершеннолетний, но согласно закона, в данном вопросе родитель до завершения образования вправе выбирать образовательное учреждение только с учетом мнения ребенка, соответственно и забрать документы из школы мама должна с учетом вашего мнения.