Как действовать, если судом наложен арест на р/с ответчика, деньги арестованы, но не выплачены после выигранного суда?

Так как счёт арестован то на него денежные средства не поступят. Возможно, у организации есть дополнительные расчётные счета.

Здесь действует статья 855 ГК РФ "Очередность списания денежных средств со счета":

"1. При наличии на счете денежных средств, сумма которых достаточна для удовлетворения всех требований, предъявленных к счету, списание этих средств со счета осуществляется в порядке поступления распоряжений клиента и других документов на списание (календарная очередность), если иное не предусмотрено законом.

2. При недостаточности денежных средств на счете для удовлетворения всех предъявленных к нему требований списание денежных средств осуществляется в следующей очередности:

в первую очередь по исполнительным документам, предусматривающим перечисление или выдачу денежных средств со счета для удовлетворения требований о возмещении вреда, причиненного жизни или здоровью, а также требований о взыскании алиментов;

во вторую очередь по исполнительным документам, предусматривающим перечисление или выдачу денежных средств для расчетов по выплате выходных пособий и оплате труда с лицами, работающими или работавшими по трудовому договору (контракту), по выплате вознаграждений авторам результатов интеллектуальной деятельности;

в третью очередь по платежным документам, предусматривающим перечисление или выдачу денежных средств для расчетов по оплате труда с лицами, работающими по трудовому договору (контракту), поручениям налоговых органов на списание и перечисление задолженности по уплате налогов и сборов в бюджеты бюджетной системы Российской Федерации, а также поручениям органов контроля за уплатой страховых взносов на списание и перечисление сумм страховых взносов в бюджеты государственных внебюджетных фондов;

в четвертую очередь по исполнительным документам, предусматривающим удовлетворение других денежных требований;

в пятую очередь по другим платежным документам в порядке календарной очередности.

Списание средств со счета по требованиям, относящимся к одной очереди, производится в порядке календарной очередности поступления документов".

Эта не позволяет "дополнить" Вашу "разницу" и исполнить решение суда.