Как правильно оформить компенсацию (материнский капитал) на построенный дом - регистрировать в долях между детьми или оформлять на себя с последующим обязательством о выделении доли?

Сначала надо выделить детям доли.

Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ (ред. от 02.08.2019) "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей"

1.3. Средства материнского (семейного) капитала на основании заявления о распоряжении лица, получившего сертификат, могут быть выданы в соответствии с пунктом 2 части 1 настоящей статьи указанному лицу на компенсацию затрат за построенный (реконструированный с учетом требований части 1.2 настоящей статьи) им или его супругом (супругой) объект индивидуального жилищного строительства при представлении засвидетельствованных в установленном законом порядке:

1) копий документов лица, получившего сертификат, или его супруга (супруги), подтверждающих право собственности на земельный участок, право постоянного (бессрочного) пользования земельным участком, право пожизненного наследуемого владения земельным участком, право аренды земельного участка либо право безвозмездного пользования земельным участком, предназначенным для индивидуального жилищного строительства, на котором осуществлено строительство (реконструкция) объекта индивидуального жилищного строительства;

2) выписки из Единого государственного реестра недвижимости о правах лица, получившего сертификат, или его супруга (супруги) на построенный объект индивидуального жилищного строительства, возникшем не ранее 1 января 2007 года, либо на реконструированный после 1 января 2007 года объект индивидуального жилищного строительства - независимо от даты возникновения указанного права;

3) письменного обязательства лица (лиц), в чьей собственности находится объект индивидуального жилищного строительства, оформить указанный объект в общую собственность лица, получившего сертификат, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) в течение шести месяцев после перечисления Пенсионным фондом Российской Федерации средств материнского (семейного) капитала - в случае, если объект индивидуального жилищного строительства оформлен не в общую собственность лица, получившего сертификат, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей).