Как правильно оформить дом по материнскому капиталу - сделать раздел или прописку в первую очередь?

1. Можно ли выделить доли детям в размере равной 1/4 от суммы материнского капитала (как того требует закон), а не по 1/4 от всей квартиры как написали в соглашении?

Не просто можно, а нужно выделить доли в соответствии с вложенным маткапиталом.

Согласно обзора судебной практики Верховного Суда РФ № 2 (2016) утвержденной Президиумом ВС РФ от 06.07.2016 г. и определения ВС РФ от 20.02.2018 г. № 11-КГ 17-34 при определении долей родителей и детей в праве собственности на жилое помещение необходимо руководствоваться ч. 4 ст. 10 ФЗ от 29.12.2006 г. № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей», а также положениями ст. 38, 39 СК РФ, определение долей в праве собственности на квартиру должно производиться исходя из равенства долей родителей и детей на средства материнского (семейного) капитала, потраченные на приобретение этой квартиры, а не на средства, за счет которых она была приобретена.

В данном случае необходимо руководствоваться принципом соответствия долей в зависимости от объема собственных средств, вложенных в покупку жилья родителями (в том числе средств, принадлежащих каждому из родителей, не являющихся совместно нажитыми), а также средств материнского капитала. Материнский капитал должен распределяться на родителей и детей в равных долях. Доли детей в общем имуществе определяются пропорционально их доле в материнском капитале.

2. Можно ли выделить доли в МФЦ не обращаясь к нотариусам?

Да, можно выделить путем составления простого письменного соглашения

3. Можно ли выделить доли только детям, а не каждому члену семьи как написано в соглашении. Например, выделить по 1/20 каждому ребенку, а 18/20 оставить в общей совместной собственности?

Приказом Минэкономразвития России от 10.04.2018 г. № 187 «О внесении изменений в порядок ведения Единого государственного реестра недвижимости, утвержденный приказом Минэкономразвития России от 16 декабря 2015 г. № 943» введен п. 90.1:

«90.1. При государственной регистрации доли в праве общей долевой собственности, поступающей в совместную собственность супругов: сведения об обоих супругах указываются в одной записи о вещном праве; в отношении вида права в записи о праве указываются слова «общая долевая собственность»; после указания в записи о вещном праве размера доли в праве общей долевой собственности указываются слова «в совместной собственности». Изменения вступили в силу 01.07.2018 года.