Можно ли установить трёх метровый забор между участками? И на каком расстоянии должен находится жилой дом?

Юлия, зависит от того что за участок - в садовом товариществе или ИЖС.

Минимальные расстояния от границы участка до строений устанавливаются правилами землепользования и застройки вашего города. Как правило это не менее 3 метров.

Вы, наверно имели ввиду на законных основаниях? А земельные участки под какие цели? Предположу, что под ИЖС. Жилой дом должен находиться на расстоянии не менее трёх метров не от забора, а от границы земельного участка сведения о которой внесены в ЕГРН, так как часто бывает, что заборы стоят не по границам. Кроме того, в каждом муниципальном образовании России утверждены Правила благоустройства и в них есть пункт об ограждении земельных участков в том числе о высоте и другие требования. Применительно к Калининградской области выше 1,6 метра ограждение не встречал для участков под ИЖС, ЛПХ, садоводство и оно не должно быть сплошным (глухим), а должно быть комбинированным, то есть и свет пропускать и воздух.. Точный размер отступа ИЖС от границы земельного участка вы можете узнать в ваших местных Правилах землепользования и застройки, как правило стандарт в 3 метра, но я встречал и больше, например, в г. Котлас Архангельской области где много домов строят из дерева и там от 4 метров отступ и больше. Как-то, так. Выбор только за вами. Надеюсь, что мой ответ был вам полезен.