Проблемы договора строительного подряда.

Добрый день! прошу оказать помощь в разрешении данного вопроса:

Между строительной компанией и гос. учреждением был заключен договор строительного подряда. Подрядчик не выполнил условия гос. контракта в полном объеме - отсутствуют предусмотренные проектно - сметной документацией объекты - малые архитектурные формы, второй слой асфальта и другие работы по благоустройству территории. В конце 2011 года заказчик подписал все акты (КС) и принял работы без замечаний, поскольку работы нужно было оплатить до 31 декабря иначе выделенные на строительство деньги уходят обратно в бюджет РФ. Между сторонами было заключено доп. соглашение к гос.контракту о том, что работы сезонного характера по благоустройству территории целесообразнее проводить в весенне - летний период согласно п. 7.8 СНиП 12-01-2004. Срок выполнения работ по гос. контракту был продлен до июля 2012 , однако по настоящий момент подрядчик не выполнил обязательства, но неоднократно направлял в адрес заказчика гарантийные письма. Заказчик обратился в арбитражный суд с иском о безвозмездном устранении недостатков выполненных работ , однако судья требует принести подписанные акты. Если принесу акты - суд проигран в соответсвтии с п. 3 ст. 720 ГК РФ. Как быть? Есть идеи, может судебная практика, буду рад любой мысли в нелегкой сложившейся для меня ситуации. Проиграть никак нельзя !