Может ли работодатель игнорировать рекомендации Региональной службы по тарифам относительно оплаты труда?

Рекомендации они и есть рекомендации. Не более.

А вот отраслевое или региональное соглашение - это уже документ обязательной силы, если ваш работодатель офоициально не отказался в нём участвовать.

Статья 48. Действие соглашения

Соглашение вступает в силу со дня его подписания сторонами либо со дня, установленного соглашением.

Срок действия соглашения определяется сторонами, но не может превышать трех лет. Стороны имеют право один раз продлить действие соглашения на срок не более трех лет.

Соглашение действует в отношении:

всех работодателей, являющихся членами объединения работодателей, заключившего соглашение. Прекращение членства в объединении работодателей не освобождает работодателя от выполнения соглашения, заключенного в период его членства. Работодатель, вступивший в объединение работодателей в период действия соглашения, обязан выполнять обязательства, предусмотренные этим соглашением;

работодателей, не являющихся членами объединения работодателей, заключившего соглашение, которые уполномочили указанное объединение от их имени участвовать в коллективных переговорах и заключить соглашение либо присоединились к соглашению после его заключения;

органов государственной власти и органов местного самоуправления в пределах взятых ими на себя обязательств.

В отношении работодателей - федеральных государственных учреждений, государственных учреждений субъектов Российской Федерации, муниципальных учреждений и других организаций, финансируемых из соответствующих бюджетов, соглашение действует также в случае, когда оно заключено от их имени соответствующим органом государственной власти или органом местного самоуправления (статья 34 настоящего Кодекса).

Соглашение действует в отношении всех работников, состоящих в трудовых отношениях с работодателями, указанными в частях третьей и четвертой настоящей статьи.

В тех случаях, когда в отношении работников действует одновременно несколько соглашений, применяются условия соглашений, наиболее благоприятные для работников.

По предложению сторон заключенного на федеральном уровне отраслевого соглашения руководитель федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере труда, имеет право после опубликования соглашения предложить работодателям, не участвовавшим в заключении данного соглашения, присоединиться к этому соглашению. Указанное предложение подлежит официальному опубликованию и должно содержать сведения о регистрации соглашения и об источнике его опубликования.

Если работодатели, осуществляющие деятельность в соответствующей отрасли, в течение 30 календарных дней со дня официального опубликования предложения о присоединении к соглашению не представили в федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере труда, мотивированный письменный отказ присоединиться к нему, то соглашение считается распространенным на этих работодателей со дня официального опубликования этого предложения. К указанному отказу должен быть приложен протокол консультаций работодателя с выборным органом первичной профсоюзной организации, объединяющей работников данного работодателя.

Правомерно ли поступает работодатель не индексируя заработную плату 3 года ссылаясь на тяжелое финансовое положение, тем не менее повышая заработную плату только руководящим лицам и ИТР

Конечно неправомерно.

Ст. 134 ТК РФ.

Обратитесь в прокуратуру с коллективной письменной жалобой о нарушении ваших трудовых прав на действия работодателя с приложением рекомендаций РСТ.