Чтобы не требовали субсидию для всех своих квартир, т.е., чтобы человек мог только одну субсидию получить?

На квартиру, конечно.

Что может получить только одну субсидию, понятно. Вопрос в другом: зачем требуют регистрацию и отказывают, если её нет?

В правилах хитрая формулировка:

для решения о предоставлении субсидии уполномоченный орган получает, используя межведомственный обмен, следующие документы, и среди них:

- копии документов, подтверждающих правовые основания владения и пользования заявителем жилым помещением, в котором он зарегистрирован по месту постоянного жительства, - в случае, если заявитель является собственником жилого помещения.

Так что, регистрация роль играет, и ключевую.

Риторический-то риторический. Я хотел услышать мнение юристов по этому поводу, их аргументы. Читаю законы, правила, и не понимаю логики. С одной стороны - Конституционные права, соц. защита, права граждан и т.д., а с другой - явные противоречия и нелогичность законов, причём, действующих.

Так я об этом и говорю, что регистрация служит средством, способом, чтобы контролировать и не допускать двойного предоставления субсидии. Это понятно, но, по закону, не могут ОТКАЗЫВАТЬ в предоставлении субсидии из-за отсутствия регистрации: отсутствие регистрации НЕ МОЖЕТ служить условием для реализации права! Контролировать - контролируйте, сколько влезет. А отказывать, ограничивать только из-за наличия или отсутствия регистрации - противоречит Конституции РФ.