Как правильно оформить наследство и приватизацию квартиры?

никаких долей в муниципальной квартире быть не может

право пользования ею имеют только те, кто в ней проживает и зарегистрирован по месту жительства, они же могут и приватизировать квартиру

Да, в данном случае возможно два варианта развития ситуации.

Первый: вы праве заключить с муниципалитетом договор о безвозмездной передаче жилья в собственность (договор приватизации), по которому квартира будет передана всем зарегистрированным членам семьи в равных долях каждому (т.е. каждому по 1/3 доле в праве). При этом согласие на участие в приватизации должен выразить также и ребенок сестры (либо его законный представитель - отец, если ребенок несовершеннолетний).

Второй: вы можете оценить вашу возможную долю при приватизации квартиры, получить денежные средства и сняться с регистрационного учета, тем самым утратив право на приватизацию указанной квартиры.

Какой вариант выбрать решать только Вам.

Также, хотелось бы обратить внимание на тот факт, что в указанной квартире вы с сыном не проживаете уже более 15-ти лет. В связи с этим обстоятельством, у вашего племянника (либо его отца как законного представителя) возникает возможность обратиться в суд с требованием о признании вас и вашего сына утратившими право пользования жилым помещением (со снятием с регистрационного учета). В данном случае у Вас появляется необходимость доказать, что ваше отсутствие в этой квартире было временным. В случае удовлетворения требований - Вас и Вашего сына снимут с регистрационного учета на основании решения суда.

В случае, если у Вас сложились безконфликтные отношения с Вашими родственниками, думаю, в данном случае правильнее будет решить вопрос по соглашению и с учетом интересов сторон.